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1.外周血象 白细胞总数和中性粒细胞大多显著增高。
2.粪便常规检查 肉眼观察为黏液便、黏液血便、脓血便等，镜检有较多白细胞及红细胞，并可见吞噬细胞。
3.粪便细菌培养 采取粪便脓血或黏液部分立即送检选用适当培养基及反复多次培养可提高阳性率。阳性者宜常规进行菌群鉴定和药敏试验。
4.快速诊断方法 可采用荧光抗体染色法、免疫染色法或玻片固相抗体吸附免疫荧光技术等快速检测方法。其优点是快速、敏感、简便，但其敏感性与特异性尚有待进一步提高。现在可采用PCR快速诊断。
5.血清电解质及二氧化碳结合力测定 血钠、血钾、血氯及二氧化碳结合力多偏低。
6.其他检查 包括血培养、DIC检测，毒痢患者易并发DIC根据需要送检。
做X线胸片、心电图、脑CT检查，可有助除外其他疾病。特殊检查：
1.甲皱微循环观察 毒痢患儿脑型早期可见甲皱毛细血管襻数减少，休克型可见血色变紫，血流缓慢不均匀严重者有凝血。
2.眼底检查 可见小动脉痉挛。严重者视网膜水肿，颅内压增高者可见视盘水肿。
3.中心静脉压(CVP)测定 正常值0.59～1.18kPa(6～12cmH2O)。CVP主要反映回心血量和右心室排血功能之间的动态关系，不能表示左心功能。
4.其他检查 心电图、X线检查等可按需要进行。