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先心病的发病率约占新生婴儿总和的0.7~0.8%。其中约20%~50%的患儿在1岁以内死亡，另外的患儿虽能够存活下来，但随着年龄的增长，异常的血流动力学将会导致心血管畸形，极易引发肺炎、心力衰竭、呼吸短促、易于疲劳、晕厥、胸痛等，对患者危害严重，结果失去了手术最佳机会。有的患儿虽经手术治疗，但终因继发病变严重，使得手术的风险性及并发症发生率显著增加。
危害1：先心病不经治疗，到1岁时有一半死亡，到2岁时三分之二死亡。并且畸形越复杂，病情越重死亡越多，死亡越早。
危害2：心脏结构异常造成的血液湍流可造成局部心内膜结构受损，容易滋生细菌。细菌就有可能把他们的“家”安在心脏里，并且不断增长、繁殖，加重心脏的损害，发生感染性心内膜炎。
危害3：先心病患儿的缺血缺氧，突然发生呼吸困难、全身青紫加重、失去知觉、惊厥，影响大脑供血。长期严重的缺血缺氧将导致患儿智力下降。
危害4：血液与血管的流动和变形加重心脏的负担，不能满足正常的需要。器官、组织血液灌注不足发生心力衰竭，诱发恶性心律失常甚至猝死。
因为先天性的心脏病，患者的心脏结构的不正常，而导致的后果就是血液湍流可使患者自身的心内膜结构局部遭受损害，这种情况下还易导致细菌的滋生，进而导致感染性心内膜炎的发生。先心病在出现之后除了会给患者造成以上身体方面的损害外，因为这个病带来的症状和并发症还可能会给患儿的心理上造成伤害，也会给患者的家庭生活蒙上厚重包袱和阴影，不及时进行治疗还会影响到患儿的身心健康发展。