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隐球菌性脑膜炎主要表现的是中枢神经系统的损害。
临床上可分为4型：即脑膜炎型、脑膜脑炎型、肉芽肿型和囊肿型。
1.脑膜炎型
本型最常见，可呈急性、亚急性、慢性过程，主要表现为脑膜炎的症状体征。
(1)上呼吸道感染症状：约2/3患者首先表现为上呼吸道感染症状，如畏寒、发热、头痛、头昏、咽痛、鼻塞、喷嚏、恶心、纳呆、全身不适等症状，经一般治疗无效，症状逐渐加重。
(2)头痛：多数患者开始头痛较轻，以后逐渐加重；少数患者一开始便出现剧烈头痛，伴恶心、呕吐。头痛常从两侧颞部开始，继而出现在前额、枕部，多两侧发生，也可为偏侧头痛。一般为胀痛伴头顶部压迫感，亦可为撕裂痛或刀割样痛，开始多为间歇性发作，每次发作几分钟，每天发作数次至十余次。发作时患者精神萎靡，或烦躁不安。以后可出现持续性疼痛，可伴阵发性加剧，少数患者在较强的光线或较强的声音刺激下便可诱发疼痛发作。
(3)恶心、呕吐：80%～90%的患者有恶心、呕吐。恶心、呕吐可与头痛同时出现，但多数患者是在头痛出现1～2周后才出现呕吐，可为喷射性或非喷射性，严重时食后即吐，不能进食，甚至饮水服药也可诱发呕吐。
(4)发热：50%～70%的患者有发热，热型不规则，一般开始为低热，体温在37.5～38℃，少数患者也可出现39℃以上的高热。如果持续出现40℃以上高热，则预后极为不良，常为临死前征兆。抗真菌药物也可出现反应性暂时性高热，但停药后消失。
(5)脑膜刺激症和锥体束征：可出现颈项强直，克尼格征、奥本罕征及巴彬斯基征可为阳性，但多数为弱阳性，且一般在病程晚期出现。
(6)眼部症状：可出现弱视、复视、斜视、怕光、眼球震颤、眼球外展受限、瞳孔大小不等、视网膜炎、视乳头水肿、眼底静脉怒张、灰白色渗出及出血，甚至出现视神经萎缩，以至完全失明。
(7)精神症状：40%以上的患者有精神症状，如抑郁、淡漠、易激动以至喊叫、谵妄、癫痫大发作、朦胧、昏迷等。
(8)大汗：部分病例可在头颈、躯干、四肢等部位大量出汗，且常以下午或晚间为重，与体温升高无明显关系，甚至在低热状态时亦大汗淋漓，此症状往往发生在病情严重的晚期病例。
(9)其他：可侵犯第7对脑神经而出现中枢性面瘫。若第8对脑神经受累，则出现听力下降，甚至耳聋。若第12对脑神经受累，可发生舌下神经瘫。此外，脑膜炎型病例常伴有肺、皮肤、骨骼、肾等器官损害的表现，少数病例可侵犯肝脏，引起黄疸及肝功能障碍。急性脑膜炎型常起病急骤，突然发病，若不及时救治，常在数天至3周内死亡。亚急性型常从类似上呼吸道感染的症状开始，以后逐渐加重，1～2个月才出现典型的脑膜炎症状。慢性型可反复出现症状及缓解，病程可迁延数年，甚至15～20年，机体呈显著消瘦状态。
2.脑膜脑炎型
此型除脑膜受累外，尚有脑实质受累，故称为隐球菌性脑膜脑炎。隐球菌可侵犯大脑、小脑、脑桥或延髓，因脑实质受累部位的不同而有相应的脑灶性损害征象，如偏瘫、失语或局限性癫痫发作等。
3.肉芽肿型
本型较少见。1907年，Lacount首先报告，它是新生隐球菌侵犯脑实质后形成的一种炎症性肉芽肿病变，称为隐球菌性脑肉芽肿，常好发于大脑、小脑、脑干的延髓部位。临床症状与体征随肉芽肿病变的部位和范围不同以及是否合并脑膜损害而异，位于脑实质内的肉芽肿，其症状、体征与脑瘤相似，临床上难以鉴别，脑脊液压力常增高，细胞数轻度增多，墨汁涂片及真菌培养可发现隐球菌，但阳性率低。CT、MRI检查、脑血管造影、脑室造影、脑超声检查等，均可能发现脑部占位性病变，术前常难于确诊，须行开颅探查术，术中可见肉芽肿表现为鱼肉样肿块，病理切片发现隐球菌可确诊。
4.囊肿型
本型为隐球菌刺激脑膜形成囊肿所致，表现为颅内占位性病变。可有头晕、头痛、耳鸣、听力下降、出汗、呕吐、走路不稳、单侧偏瘫等症状。颈内动脉造影可显示颅内占位性病变区，开颅手术可见蛛网膜明显增厚，蛛网膜腔内可形成单个或多个囊肿，囊肿内为无色透明的液体。组织病理检查显示囊壁由纤维结缔组织构成，并有淋巴细胞、大单核细胞及多形核细胞浸润，可有少数异物巨细胞存在，囊腔内充满带宽阔荚膜的新生隐球菌菌体。
