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真菌性巩膜炎表现为缓慢进展的坏死性前巩膜炎。起病缓慢。主要症状有眼红、畏光、流泪、眼痛、视力下降和结膜囊分泌物。与细菌性巩膜炎比较，刺激症状较轻、病程较长。大部分真菌性巩膜炎患者有疼痛，可局限于眼，也可沿三叉神经分支放射到颞侧头部及额部，易被误诊为偏头痛、鼻窦炎，甚至脑瘤等。临床体征：病变早期巩膜局限性炎性浸润，色暗红，巩膜病灶及其周围可出现片状无血管区，是坏死性前巩膜炎的关键性体征，应仔细检查。病变可向不同方向发展，可吸收局限，亦可进展成大面积坏死，受累巩膜可坏死变薄，坏死区周围巩膜水肿。表层巩膜血管扩张迂曲、移位。愈合后坏死区巩膜菲薄，呈灰蓝色外观，可暴露葡萄膜，但很少发生葡萄肿。伴有毗邻组织的真菌感染，以角膜炎多见。表现为角膜中央或旁中央孤立或散在的基质内脓肿、白细胞浸润或浅表溃疡，无光泽呈苔垢状，溃疡缘呈羽毛状环形浸润或浅沟，与周围组织境界明显，周围有孤立的圆形点状浸润，称为“卫星灶”。有时溃疡周围有免疫环。50%的真菌性角膜炎患者可形成黏稠的前房积脓。
根据病史、临床表现、染色或培养真菌阳性，典型病例不难诊断。培养或活检出致病性真菌，可明确诊断。由于真菌培养需时较长，而真菌性巩膜炎的视力预后，又决定于治疗开始的早晚，只要刮片发现真菌菌体或菌丝，即可诊断为真菌性巩膜炎，并立刻进行抗真菌治疗。如果具备条件，应进行抗真菌药物敏感试验。