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(一)治疗
本病死亡率高，但早期治疗反应较好，多数可以得到恢复，故关键在于早期诊断和治疗。
1.一般治疗 患者应卧床休息，增加营养，纠正水电解质紊乱。纠正缺氧，经鼻或面罩给氧，FiO2<50%时，动脉血氧分压在9.32kPa(70mmHg)以上，严重缺氧者则采用辅助通气或体外膜氧。尽量减少免疫抑制剂的应用，但对严重弥漫性病变者，尤其是AIDS患者则应短期使用糖皮质激素 如泼尼松龙40mg，6h 1次，连用7天。
2.病因治疗
(1) 磺胺甲?唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲异?唑)：是目前较为理想的治疗药物，初治有效率为77%。一般剂量甲氧苄啶(TMP)每天20mg/kg，磺胺甲?唑(SMZ)每天100mg/kg，静脉注射或分4次口服。病情严重者用静脉注射，7～10天病情好转可改用口服，疗程至少14天。副作用包括皮疹、转氨酶升高，中性粒细胞减少，血肌酐升高等，AIDS病人半数以上可出现副反应。
(2)喷他脒(Pentamidine)：对肺孢子虫有致死作用，但副反应发生率可达50%。剂量为4mg/kg，肌注,1次/d，疗程14天。初治有效率为70%，复治有效率为50%。缺点是毒副反应大，主要为肾性、低血糖、直立性低血压、白细胞和血小板减少、恶心呕吐及肌注部位疼痛和脓肿等。目前主张常规药物不能耐受和无效时用，仍可取得一定疗效。有报道用喷他脒吸入治疗，40mg/kg,1次/d，取得较满意疗效。
AIDS患者，应用磺胺甲?唑/甲氧苄啶(TMP-SMZ)或喷他脒疗程要长，3周或更长。初期疗效同非AIDS患者相似，但药物副作用的发生率和严重性更明显，复发率也高，可达50%。对TMP-SMAK或喷他脒过敏或治疗失败者，可用下列药物：①氨苯砜(Dapsone)加甲氧苄啶(TMP)，前者每天100mg，后者每天200mg/kg，分4次口服;②二氟甲基乌氨酸(DFMO，eflomithine)，每天100mg/kg静脉滴注或75mg/kg口服，每6小时1次;③克林霉素加伯氨喹，均为每次450mg，3次/d,口服。
(二)预后
近年来发现卡氏肺孢子虫肺炎(PCP)是艾滋病患者最常见机会性感染，且为其主要致死原因。