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先天性弓形虫病应与TORCH综合征(风疹、巨细胞病毒感染、单纯疱疹和弓形虫病)中的其他疾病相鉴别。此外尚需与梅毒、李斯特菌或其他细菌性和感染性脑病，胎儿成红细胞增多症、败血症、传染性单核细胞增多症、淋巴结结核等鉴别。主要依靠病原学和免疫学检查确诊。
1.先天性巨细胞病毒感染先天性弓形体感染，表现及预后与CMV感染相似，主要依赖实验室检查鉴别诊断。
2.其他病理性黄疸主要依赖临床全身脏器受损的表现特点和实验室检查鉴别。
3.其他脑膜脑炎全身脏器受损的临床特点和实验室检查鉴别。