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胰腺假性囊肿须与胰腺脓肿和急性胰腺蜂窝织炎鉴别。伴随脓肿的病人常有感染表现。偶尔，假性囊肿可表现为体重下降、黄疸和触及无痛性肿大的胆囊，常首先考虑为胰腺癌。CT扫描显示病变为液性，提示为胰腺囊肿可做出正确诊断。增生性囊肿，还有胰腺囊腺瘤或囊腺癌,约占胰腺囊性病变的5%，术前应与胰腺假性囊肿鉴别。其确切的鉴别诊断主要依靠术中的肉眼观察和活检来确定。
有时，特别是无明显胰腺炎或胰腺外伤史时，除应与真性囊肿及腹部其他囊肿、实性肿块鉴别外，还应与胰腺脓肿相鉴别。胰腺脓肿常伴高热、全身中毒症状及白细胞升高，囊液革兰染色及培养有助于诊断，若为脓性囊液，则诊断明确。