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胰腺假囊肿的并发症更多见于急性胰腺假囊肿。
1.囊内出血 胰周与上腹部许多较粗的血管，常构成囊壁的一部分，如胃左动静脉，胃右动静脉，脾动静脉等，血管壁被激活的胰酶和感染侵蚀，可突然发生破裂出血。病人可突然出现剧烈的持续性腹痛，腹部包块急剧增大，且有刺激征，常表现内出血症状，很快进入休克状态，B超可发现囊内呈强回声血凝块，出血后囊内压骤增，可造成囊肿胃肠道瘘，发生消化道大出血。若病人一般情况允许，可经皮选择性动脉造影，找到出血部位并进行堵塞或行急症手术，吸净囊内出血后结扎出血血管，并在远离病变部位再结扎2～3道。如病人情况极差，为挽救生命，亦可用长纱布条填塞，待出血停止3～4天后逐渐抽出纱条。
2.囊肿破裂 囊肿破裂后腹部包块突然消失，囊液如进入腹腔可发生全腹持续性剧痛，引起急性弥漫性腹膜炎，应急诊行囊肿外引流术。如穿破胃肠道，常伴腹泻，少数可发生消化道出血，如果出血量不大，可先行非手术治疗，待6周后再决定进一步治疗方案。
3.囊内感染 囊肿并发感染时，通常出现腹痛，发热，白细胞增高等征象。急性胰腺假囊肿继发感染与急性重症胰腺炎坏死合并感染较难区别，特别在2周以内，治疗应立即引流。对可疑病人，B超或CT引导下的穿刺涂片检查和细菌培养，有助于诊断。感染一旦确定，如囊肿为单腔且囊液不稠时可选择穿刺置管引流，如手术则应选择外引流术。
4.囊肿对周围的压迫 巨大囊肿压迫胃及十二指肠或结肠，可发生胃肠道梗阻，压迫胆总管可出现阻塞性黄疸，压迫静脉或形成静脉血栓，最常见的是脾静脉，其次是门静脉和肠系膜上静脉，可形成胃脾区高压，肝外型门静脉高压或十二指肠黏膜下静脉曲张而发生上消化道大出血;压迫下腔静脉导致两下肢水肿，极少数可伸向食管或主动脉裂孔，上升至纵隔和胸腔压迫心肺，影响循环和呼吸功能。出现上述情况应立即做引流减压手术。