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胃肠粘膜充血、水肿、渗出，表面有片状黄色渗出物或粘液覆盖，病变可呈局限性或弥漫性。粘膜皱壁上有糜烂、出血点。如表层上皮细胞坏死脱落，固有膜血管受到损害则引起出血和血浆外渗，往往有中性白细胞、淋巴细胞、浆细胞和少量嗜酸性细胞浸润，严重者粘膜下层亦有充血、水肿。 沙门菌性胃肠炎时小肠是主要的病变部位，但也累及到结肠，引起痢疾样症状。沙门菌具有侵袭性，引起粘膜炎症反应，伴粘膜下层中性粒细胞浸润，有时可深至固有层。炎症细胞产生和释放前列腺素，使腺苷酸环化酶活性增高。沙门菌分泌肠毒素，直接刺激腺苷酸环化酶系统，使肠液分泌能力大大增加，超过肠道重吸收能力，引起腹泻。
急性肠炎的发病与哪些因素有关
(1)细菌和毒素的感染
常以沙门菌属和嗜盐菌(副溶血弧菌)感染最常见，毒素以金黄色葡萄球菌常见，病毒亦可见到。常有集体发病或家庭多发的情况。如吃了被污染的家禽、家畜的肉、鱼;或吃了嗜盐菌生长的蟹、螺等海产品及吃了被金黄色葡萄球菌污染了的剩菜、剩饭等而诱发本病。 在我国以夏、秋两季发病率较高，无性别差异，一般潜伏期为12～36小时。
沙门氏菌属是引起急性胃肠炎的主要病原菌，其中以鼠伤寒沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、猪霍乱沙门氏菌、鸡沙门氏菌、鸭沙门氏菌较为常见。导致急性肠炎的发病因素----细菌和毒素的感染，常以沙门菌属和嗜盐菌(副溶血弧菌)感染最常见，毒素以金黄色葡萄球菌常见，病毒亦可见到。常有集体发病或家庭多发的情况。如吃了被污染的家禽、家畜的肉、鱼;或吃了嗜盐菌生长的蟹、螺等海产品及吃了被金黄色葡萄球菌污染了的剩菜、剩饭等而诱发本病。
(2)物理化学因素
进食生冷食物或某些药物如水杨酸盐类、磺胺、某些抗生素等;或误服强酸、强碱及农药等均可引起本病。