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1.急性化脓性胆管炎 是原发性胆管结石最常见的并发症，又称胆道感染。原发性胆管结石的临床表现大多与它有关。主要表现为右上腹痛、寒战高热和黄疸，引起胆道感染的常见细菌为革兰阴性杆菌或是厌氧菌，以大肠埃希杆菌为多见，更常是混合性感染。当结石嵌顿于胆管下端即出现急性化脓性胆管炎，经过消炎解痉治疗，局部炎症水肿消退，结石浮动，嵌顿解除，上述症状和体征消退，因而表现为波动性黄疸。B超可发现肝内外胆管扩张或胆管结石;可有白细胞增多等实验室发现。一般认为急性化脓性胆管炎应先进行消炎解痉利胆补液治疗，症状缓解后再行择期手术。但在非手术治疗过程中要严密观察，一旦出现急性梗阻性化脓性胆管炎，应考虑手术。
2.胆源性肝脓肿 由于肝胆管结石并发感染未能及时手术引流或肝内小肝管结石嵌顿所致化脓性小胆管炎，炎症波及周围组织而形成。以多发性小脓肿多见。可有右上腹痛也可能没有腹痛，表现为寒战高热，为弛张热型，黄疸可有可无，病程一般较长。本病经过短期非手术治疗未能奏效，应手术引流胆道，若为弥漫性小脓肿，引流胆道即可。若为单个大脓肿或多发性脓肿外尚有较大的脓肿时，除作胆道引流外，同时要行脓肿引流。
3.胆道出血 是原发性胆管结石的较严重的并发症。
4.胆源性肝硬化 是原发性胆管结石的晚期并发症，属于晚期胆道病。严重时伴有门静脉高压、脾大及脾功能亢进。除有肝胆管结石的症状外，还有肝硬化和门静脉高压的表现。如果病人无门静脉高压症，则应尽早行胆道探查术，将肝内结石尽量取净，一部分病人肝功能可望恢复。若伴有门静脉高压症则处理较复杂困难，病人情况允许可一期行胆道探查取石和脾切除手术，然后再行彻底的肝胆管结石手术来处理复杂的肝内病变。否则应行分期手术，首先作胆道探查取石，再次行门静脉高压手术，最后处理复杂的肝胆管手术。这类病人病情重，处理困难，病死率高，有时不管怎样做手术都预后极差。因而对于肝胆管结石最好在没有出现症状或才出现症状时即行手术，以减少肝功能损害。
5.胆管癌 大多数学者认为胆管癌的发生与原发性胆管结石有关。特别是肝内胆管结石并感染者发生肝内胆管癌较多，又称胆管细胞型肝癌。往往被原发性胆管结石的症状所掩盖，术前容易漏诊。原发性胆管结石病人近来出现上腹痛发作频繁并加剧，且局限于某一个部位。腹部查体右上腹或剑突下明显压痛，尚可扪及有压痛的包块，应怀疑此病。进一步作B超和CT检查可同时发现肝内结石及肝内局限性或弥漫性占位性病变，基本可明确诊断。这类病人一般AFP为阴性。由于为肝胆管结石反复炎症纤维化增生所致，胆管细胞型肝癌多为硬癌，内有较多的纤维结缔组织。主要为局部浸润性生长，肝内跳跃性转移及远处转移较少。湖南医科大学附属第二医院肝胆外科近年手术发现17例胆管细胞型肝癌，均伴有肝胆管结石，其中13例位于左半肝和左肝外叶，4例在右前叶或右后叶。行胆道探查和肝叶或半肝切除术，其中10例已存活达3年以上，2例已存活2年，3例在1年左右。2例死亡于术后6个月及14个月。若肿块巨大已累及周围组织及邻近器官，行肿块大部切除，即减体积手术，也有较好疗效。
6.胆源性胰腺炎 原发性胆管结石合并急性胰腺炎大大少于继发性胆管结石，可能与原发性胆管结石病人大多存在Oddi括约肌呈松弛状态有关。