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1.尿液检查 常规检查可见血尿、蛋白尿和脂肪尿，肾小管功能不全如浓缩稀释、酸化功能障碍等。尿沉渣检查可见有脂质包涵体的细胞，超微结构检查发现含有典型包涵体和游离髓磷脂体的完整细胞。仔细镜检尿沉渣，常可见内含双折光脂质的泡沫样上皮细胞(此脂质细胞在偏光镜下形似马耳他十字架)，对本病具有提示意义。
2.血液生化检查 血浆、白细胞或成纤维细胞中的α-半乳糖苷酶活性明显降低。其原理是由于溶酶体酶α-半乳糖苷酶A将酰基鞘氨醇水解为鞘氨醇和一个自由脂肪酸，当缺乏该酶时糖鞘脂在血浆中的浓度和组织中的沉积增多。半合子患者血浆中酰基鞘氨醇三羟化物浓度增高可达正常值3倍，在一些组织中增多可达300倍。
3.羊膜或绒毛囊穿刺 通过检测羊水及绒毛中(妊14周时)α-半乳糖苷酶的活性有助于产前诊断。
肾活检病理检查：
1.光镜检查 光镜下肾小球脏层上皮细胞(有时还有壁层上皮细胞、内皮细胞及肾小管上皮细胞)增大，含无数空泡，空泡中充满脂质，偏光镜下见双折光脂质体，形似马耳他十字架;肾小球壁局灶性增厚，肾小球周围及间质纤维化。
本病肾小球变化最显著，石蜡切片显示肾小球脏层上皮细胞扩大，细胞内空泡形成，空泡通常小而均一，故细胞呈蜂窝状，胞浆几乎消失而不宜辨认，壁层上皮细胞受累相对少见，内皮细胞和系膜细胞偶可见到空泡。在早期或较轻的患者，肾小球可无其他异常，随着病情进展至肾功能衰竭，逐渐进展至肾小球节段性或全球性硬化。在硬化小球仍能发现有空泡形成的细胞，为进展性肾病患者的诊断提供了线索。肾小管有相似空泡细胞，以远曲小管和亨勒(Henle)襻最为明显。近曲小管细胞较少受累。动脉及小动脉中有大量空泡细胞。内皮细胞常受累，细胞扩大呈泡沫状。血管中层平滑肌细胞内有大小不等的空泡。
锇固定塑料包埋组织切片用甲苯胺或亚甲蓝处理后，可在先前提到的细胞内包涵体的相应部位见到细的暗染的颗粒状包涵体。这种技术诊断价值更大，尤其是在完全或局灶硬化的肾小球，这种方法也可以用来辨认受累的间质细胞。
2.免疫荧光检查 免疫荧光检查常为阴性。发展至晚期损害的肾小球，如节段性硬化时，可出现IgM、C3和C1q呈节段性或颗粒状分布于血管壁或系膜区。
3.电镜检查 电镜下显示上述细胞包含无数圆或卵圆形层状小体(这些小体被称为“斑马小体”或“髓鞘脂影”)，对本病诊断很有意义。
本病几乎所有肾脏细胞均可受累，以肾小球毛细血管上皮细胞最甚，受累细胞溶酶体内可见典型的同心圆排列的层板样异常包涵物，为电子致密的嗜锇性层状小体，由于切面不同可呈太阳光环状、蠕动的绒毛状或斑马纹状结构。多种细胞胞质内有多种形态扩大的溶酶体，呈洋葱皮样、层板样、致密实心球状或空泡状，因此该病的溶酶体改变亦可呈多样性。此外，还可有上皮细胞足突融合，基膜灶性增厚等改变。