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潜伏期短，一般3～5天。原发性肺鼠疫为数小时到3天，起病急，高热伴畏寒、寒战，全身毒素症状，淋巴结肿大，可有呕吐、腹泻、肝脾肿大及出血表现。肺鼠疫多由腺鼠疫血行播散引起，少数为原发性吸入性肺鼠疫。咳痰为脓血痰、胸痛、咯血，呼吸困难、发绀。肺部体征少，可有少量湿?音及胸膜摩擦音。体征与病情严重程度不一致为本病之特征，如抢救不及时，可出现意识障碍，多死于休克及呼吸衰竭。因病死后全身皮肤呈黑紫色，故有“黑色病”之称。
根据流行病学资料，临床上有发热、全身毒血症状，急性淋巴结炎或咳嗽，胸痛，咳血痰，呼吸困难等表现应怀疑为鼠疫，确定有赖于病原学检查出鼠疫杆菌和(或)检测血清特异性F1抗体，效价≥1∶100或双份血清抗体效价增高4倍以上。