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60%患者呈无症状的亚临床经过，仅在球孢子菌皮试检查时发现。40%的患者临床表现各异，主要有以下类型：
1.原发性肺球孢子菌病 感染10～16天后出现流感样症状，干咳、偶有血丝痰。常有胸痛。胸部体征常阴性，20%患者有结膜炎，变形性红斑、结节性红斑等过敏性皮肤损害。可伴有多发性浆膜炎(胸膜炎、心包炎、关节炎)。病程呈自限性，6～8周内症状可消退。感染初期易发生临床的真菌血症，但引起肺外破坏性病变的甚少，主要见于皮肤、关节、骨骼和脑膜。
X线表现为肺门淋巴结肿大，胸膜反应和胸腔积液。肺内结节病灶起病6～8周内可消退。极少残留肺部异常，常见的为肺球孢子菌结节及空洞。
2.慢性进行性球孢子菌肺炎 在原发感染8周以后，肺部病灶持续存在，且病变逐渐恶化。表现为持续低热、咳嗽、厌食、体重下降，部分患者有咯血。病程缓慢而长，可达数月至数年。
X线表现为肺段或肺叶的浸润阴影，多发性空洞和纤维结节病灶。多数空洞为2～4cm，少数为大空洞(>6cm)，典型的为薄壁，周围无明显炎症浸润，以两上肺多见。球孢子菌性结节通常无钙化，倍增时间为1年以上。
3.粟粒样肺球孢子菌病 此型为原发性肺球孢子菌病的严重合并症，病原菌经血行播散至全肺野及肺外其他脏器。常在原发性肺孢子菌病程早期出现，亦可为慢性进行性的晚期并发症，如发于免疫抑制者和有严重基础病和易感种族，临床及X线表现酷似粟粒性肺结核。免疫受损的宿主，可迅速发展为呼吸衰竭。血源播散可累及皮肤、关节、淋巴结、脑膜、肝脾等脏器。
在流行区域，有呼吸道感染者应怀疑本病，常规行球孢子菌素试验。根据流行区域接触史、临床表现和X线特征，免疫学检查可诊断，涂片或培养找到肺球孢子菌特有的球体可确诊。