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控制锥虫病的基础，是普查并治疗大量的无症状感染者，特别是淋巴结肿大者，同时治疗患者及加强管理家畜。可采用“香味”诱扑机扑杀采采蝇，1次可扑杀数千克，是减少采采蝇威胁的非常有效的方法;又因为采采蝇容易反复，故需1次/6个月。因为冈比亚锥虫病的潜伏期长，而致不易及时看到其发病率减少的效果。近来在乌干达罗得西亚锥虫病的流行区有用采采蝇诱扑机，得到成功的经验。因为罗得西亚锥虫病潜伏期较短，致使能及时看到它被控制的效果。进入未经处理的采采蝇滋生地区时，应加强个人防护。包括穿长袖上衣和长腿裤，穿着明亮色彩的衣服，睡眠时用蚊帐，使用驱虫剂等，均可防御采采蝇的侵袭。至于采用喷他脒作为化学预防，尚未得到统一的看法。