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肝性脑病一般是由患者的各种肝硬化引起的，有些治疗肝硬化的手术也会引发患者的肝性脑病，总的来说，肝性脑病的患者大概有七成以上都是由肝硬化引起的。其他的肝性脑病的患者是由重症的病毒性肝炎、中毒性的肝炎药物性的肝炎等肝部的疾病一起的。肝癌、妊娠期脂肪肝等疾病也会有一定的概率引发感性脑病。
对于肝性脑病的发病机理目前研究的还不是十分透彻。最主流的说法为产生肝性脑病的生理基础，是由肝细胞的功能的衰竭和门腔的静脉手术所造成的侧支分流。患者的肠道的毒性代谢产物在未被肝脏解毒和清除时会经侧支进入到体循环，这些毒素会透过患者的血脑屏障而到达脑部，这时会引起患者的大脑功能紊乱。
患者患有肝性脑病时，其体内的代谢紊乱是全方位的，脑病的发生是多种因素的综合的作用，起作用作用的病因是蛋白质、氨基酸、氨、硫醇等含氮物质的代谢的障碍，以及抑制性的神经递质的积聚。糖、水、电解质的代谢紊乱，以及缺氧的情况会加重患者的脑病。脂肪代谢，特别是短链脂肪酸的代谢增多也是重要愿意之一。所以以氨中毒的理论提出的最多，也最有依据性。
急性肝功能衰竭导致的肝性脑病的患者脑部一般没有异常，但一半的患者会有有脑水肿，可能是本病的继发性的症状。慢性的肝性脑病的患者的大脑和小脑灰质的皮层下组织中的原浆性星形细胞会出现肥大和增多的现象，患者的神经元及神经纤维会出现消失的情况，患者的皮层深部会出现片状的坏死等情况。
需要注意的是，要想预防肝性脑病，就要积极的防治人体的肝病。而肝病的患者要尽力避免一切的可以诱发肝性脑病的因素。严重肝功能障碍的患者要进行身体的随查，要确保尽早发现病情并及时治疗。