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本病需与下列疾病鉴别：
1.急性肝炎 起病与本病很相似。急性肝炎预后良好，很少超过10周病情就有改善，而本病常有多系统损害症状，絮状试验和球蛋白持续阳性，血清内有自身抗体，可助鉴别，必要时可作肝脏活检。
2.慢性迁延性肝炎 本病轻型病例或缓解期病例的临床、生化甚至组织病理改变，均与慢性迁延性肝炎很相似，须长期密切随访，积累较多的临床、生化、免疫学资料，进行综合分析，才能作出判断。两者主要鉴别见表3。
3.自身免疫性疾病 本病有时需与系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎等自身免疫性疾病相鉴别。系统性红斑狼疮虽有多系统损害表现，但肝脏的临床和病理改变与慢性活动性肝炎有所不同，必要时可作肝穿刺以资鉴别。在血清中找到Sm抗体，为系统性红斑狼疮的特征性发现。慢性活动性肝炎若有关节症状和类风湿因子阳性，须与类风湿性关节炎相鉴别，但后者一般无活动性肝病表现。本病有时可与类风湿关节炎重叠。
4.原发性胆汁性肝硬化 多见于40～60岁女性，在病程早期甚至在黄疸前期便出现全身瘙痒、高胆固醇血症、碱性磷酸酶显著升高等，多数病例线粒体抗体阳性，而这些表现本病则少见。另外，原发性胆汁性肝硬化对激素等免疫抑制剂治疗反应不及本病显著。
5.肝豆状核变性(Wilson病) 是一种常染色体显性遗传性疾病，常有神经系统表现，有时临床表现可与本病相似。但90%肝豆状核变性病人的角膜可见有K-F环，血清铜蓝蛋白、血铜和尿铜多有增加，但无血清免疫和细胞免疫异常。
6.药物肝病 有用药史，如曾服用过酚酞类、甲基多巴等药物。起病一般缓慢，消化道症状较轻，常伴有过敏性表现，如皮疹、嗜酸粒细胞计数高，特异性淋巴细胞转化试验阳性，HBsAg呈阴性。