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疾病早期需与流感、败血症、钩端螺旋体病等相鉴别。出现呼吸窘迫症时，需与心源性肺水肿、原发性急性呼吸窘迫综合征、细菌和病毒性肺炎、SARS及钩端螺旋体出血性肺炎等相鉴别。
Moolenaart等对24例HPS患者和33例流感患者进行对比，发现咽痛和咳嗽是流感患者最常见的症状，非常显著地高于HPS，而HPS则白细胞计数升高，核左移可以鉴别于流感。败血症和钩端螺旋体病均可以出现发热、头痛、肌痛和白细胞计数升高，但常规检查HPS常出现血液浓缩，血细胞比容增大和血小板减少可以区别。
本病与心源性肺水肿的区别在于前者是血管渗透性增高所致的肺水肿，因此肺动脉楔状压是低的，早期X线胸片检查是肺间质渗出为主。后者是肺静脉充血所致，因此肺动脉楔状压增高，胸片上可见肺上部肺野血管纹理增加和肺门阴影扩大。本病实验室检查，出现血液浓缩、血小板减少、白细胞增高、核左移，出现晚幼粒细胞和异型淋巴细胞，其中特别是血小板减少是心源性肺水肿和原发性呼吸窘迫综合征所没有的。
与细菌性或病毒性肺炎的鉴别在于后者为小叶渗出，因此X线检查是肺叶段病变，而本病为肺部弥漫性病变。