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至于本病的潜伏期。Young等对自然感染HPS的病例进行潜伏期的测定，他们对来自美国30个州200例患者中的11例进行细致再检查和分析，包括对接触的啮齿类动物进行病毒分离等。最后认为HPS的潜伏期是9～33天，平均14～17天。本病病程分为三期，即前驱期、呼吸衰竭期和恢复期。患者发病多急骤，发病之初有前驱症状，如畏冷、发热、肌痛、头痛、乏力等中毒症状。亦可伴有恶心、呕吐、腹泻、腹痛等胃肠症状。发热一般为38～40℃，以上症状持续短者12h，长者数日，多数2～3天后迅速出现咳嗽、气促和呼吸窘迫而进入呼吸衰竭期，此期为非心源性肺水肿。体检：可见呼吸增快，常达20～28次/min以上，心率增快，达120次/min，肺部可闻及粗大或细小湿?音，少数患者出现胸腔积液或心包积液。重症患者可出现低血压、休克、心力衰竭以及窦性心动过缓或窦性心动过速等心律失常。仅少数患者发现睑结膜充血、球结膜水肿、皮肤黏膜出血点或出血斑。
由辛诺柏病毒、纽约病毒和纽约1型病毒所引起者一般没有肾损害。而由长沼病毒和黑港渠病毒所引起者则伴有肾损害，因而可以出现少尿。一般呼吸衰竭持续1周左右，能渡过呼吸衰竭期的患者逐渐进入恢复期，此时呼吸平稳，缺氧纠正，惟少数患者仍可见持续低热，体力尚有段时间恢复。但亦有部分患者无肺综合征表现。Kitsutani等报告5例急性辛诺柏病毒感染者，有特征性前驱症状，但没有严重的肺部表现。因而认为需要扩大此类患者的监视。
1.临床诊断 主要根据有发热、肌痛、头痛、乏力等中毒症状和迅速出现咳嗽、气促、呼吸频率和心率明显增快，缺氧等呼吸窘迫症，亦可存在血压偏低或休克。实验室检查白细胞计数升高，核左移，并可见异型淋巴细胞。血红蛋白和红细胞升高，血细胞比容增大，血气分析动脉氧分压降低，X线胸片示间质性肺水肿。
2.特异性诊断 目前常应用HPS相关病毒感染Vero-E6细胞的病毒抗原来检测患者特异性IgM和IgG。为了解各种抗体出现的情况，新近Bostik对22例急性期HPS患者的血清标本进行SNV抗体检测，发现SNV特异性IgM是100%阳性，而特异性IgA阳性率为67%，至于恢复期特异性IgG出现最高的是IgG3(97%)，继之为IgG1(70%)，IgG2为30%而IgG4为3%。
为快速、准确诊断HPS，Pudula等应用阿根廷HPS的主要病原Andes病毒重组的核壳蛋白作抗原，采用固相酶免疫试验检测特异性IgG和IgA，应用捕捉ELISA法检测IgM，对135例RT-PCR认可的HPS病例，77例其他呼吸道感染的病例和957例来自疫区和非疫区的健康居民进行检查。结果HPS的早期患者均有很强的特异性IgM、IgG和IgA反应，IgM最早出现在发生症状后第1天，IgG在第7天，IgA在第1天。IgM抗体在所有病人的第一次标本中均阳性。IgM和IgG的特性和敏感性均为100%。特异性IgA抗体也在急性HPS病人的唾液中检出。
病毒RNA检查：RT-PCR法能检出急性期患者血清、血浆和单个核细胞中的病毒RNA。恢复期患者一般血液中RNA不能再检出。但亦有报告病程23天仍在患者血液中检出病毒RNA者。