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腹痛是最常见的症状，常为突发的弥漫性脐周疼痛，病人表情可极为痛苦，止痛药往往无效。可伴有呕吐、腹泻(往往为血性腹泻)、呼吸困难和意识模糊。如同时伴有便意频繁，则是急性梗死性肠系膜缺血的典型症状，而非梗死性缺血很少有便意或急性排便。疾病早期腹部体征与症状明显不符合，腹肌无紧张，压痛也不明显，肠鸣音可以正常或亢进，但随着缺血的加重，腹胀明显肠鸣音减弱，出现肌紧张，压痛和反跳痛，以浆膜炎和穿孔性腹膜炎为其特征。可伴有发热，心动过速，低血压，白细胞增高和核左移;血清或腹腔液中磷酸盐升高，尿中磷酸盐排出增多。常提示有严重的肠壁损伤，晚期可有酸中毒。
肠系膜上动脉栓塞的临床表现因栓塞的部位、程度和侧支循环状况而异。Bergan提出急性剧烈腹痛、器质性心脏病和强烈的胃肠道排空症状(恶心、呕吐或腹泻)为急性肠系膜上动脉栓塞的三联征。腹痛是最常见的症状，常以突发脐周绞痛开始，可伴有心率增快，肠鸣音早期可亢进，随肠缺血、肠道坏死程度加重，肠鸣减弱，腹痛加重，同时出现呕吐、腹胀、排出黏液血便、发热及腹膜炎表现，最后出现肠鸣音消失，脱水和休克，提示病变已不可逆。
急性肠系膜上动脉血栓形成是指该动脉本身有一定病变基础，在一定诱因下形成血栓。主要的病变基础为动脉硬化，其他尚有主动脉瘤，血栓闭塞性脉管炎，结节性动脉周围炎和风湿性血管炎等。低血容量或心排血量突然降低、脱水、心律不齐、血管收缩药或过量利尿药为常见的诱因。
肠系膜上动脉血栓形成好发于动脉开口部，并常涉及整个肠系膜上动脉，因此病变可涉及全部小肠和右半结肠。如血栓形成较局限，则梗死范围较小。由于发病前肠系膜上动脉已有病变，因此发病后腹痛的剧烈程度常不如肠系膜上动脉栓塞。
本病的确诊方法是肠系膜血管造影。但在下列紧急情况下，为避免肠管广泛坏死，危及生命，应剖腹探查，及时恢复肠系膜上动脉的灌注。
1.50岁以上有心脏瓣膜病、心房纤颤，近期曾发作心肌梗死或身体其他部位有栓塞，或有饭后肠绞痛病史者(约50%病人发病前有慢性肠缺血的症状)。
2.急性弥漫性剧烈腹痛而腹部体征轻微者。