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1.呼吸道感染 肺炎克雷白杆菌是呼吸道感染最常见的致病菌之一。在痰标本所得革兰阴性杆菌中占第二位，仅次于铜绿假单胞菌。国外报告有的占首位。医院内交叉感染常导致细菌在咽部寄殖，继引起支气管炎或肺炎。长期住院、应用抗菌药物等使患者咽部肺炎杆菌细菌下行而引起支气管及肺部感染。肺炎克雷白杆菌引起的急性肺炎与肺炎链球菌肺炎相似，起病急，常有寒战、高热、胸痛、痰液黏稠而不易咳出，痰呈砖红色或深棕色(25%～50%)，也可为血丝痰和铁锈色痰。部分患者有明显咯血。体检可发现患者呈急性面容、呼吸困难、发绀，少数患者可出现黄疸、休克。2/3患者体温在39～40℃间，口唇疱疹不常见，肺部有实变体征，有湿性?音。X线表现多变，可有大叶实变、小叶浸润和脓肿等表现。大叶实变多位于上叶，由于炎症渗出液多而黏稠，故叶间裂常呈弧形下坠。炎症浸润也比其他肺炎浓密，边界锐利，16%～50%的患者有肺脓肿形成。少数呈支气管肺炎或两侧肺外周浸润，有时也可呈两侧肺门旁浸润。本病早期即常有全身衰竭，预后较差，病死率约50%，发生广泛肺坏疽者则预后更差。肺炎克雷白杆菌肺炎可表现为慢性病程，也可由急性延续成慢性，呈肺脓肿、支气管扩张与肺纤维化的临床表现。
2.败血症 国外报道肺炎克雷白杆菌败血症占革兰阴性杆菌败血症中的第二位，仅次于大肠杆菌。绝大多数患者均有原发疾病和(或)使用过广谱抗菌药物、免疫抑制剂或抗代谢药物等。最常见的诱因是手术，入侵途径有呼吸道、尿路、肠道、腹腔、静脉注射及新生儿脐带等;染菌的静脉输液引起者可引起局部小流行。病情凶险，除发热、畏寒外，有时可伴发休克、黄疸。发热多呈弛张热，也可呈双峰热型。迁徙性病灶可见于肝、肾、肺、骨骼、髂窝、脑膜及脑实质等，病死率30%～50%。
3.化脓性脑膜炎 肺炎克雷白杆菌引起化脓性脑膜炎者日见增多，在革兰阴性菌脑膜炎中呈第二位。多见于脑外伤或脑手术后，新生儿也可发生，预后甚差。起病隐匿，常有发热、头痛、颈项强直等脑膜炎症状和体征，可出现颅内高压症状。脑脊液中白细胞及中性粒细胞增多，蛋白定量增高，糖和氯化物定量下降，涂片可发现含荚膜的革兰阴性杆菌，培养阳性可确立诊断。老年患者常合并有败血症存在，病死率高。
4.尿路感染 据报道尿路感染中肺炎克雷白杆菌引起者占第三位。绝大多数患者有原发疾病如膀胱癌、前列腺肥大、膀胱无力、尿道狭窄等，也可发生在恶性肿瘤或其他严重全身疾病的患者，导尿、留置导尿管或尿路器械检查等是常见的诱因。经采用适当抗菌药物治疗后近期疗效较好。临床表现与其他病原所致尿路感染相同。
5.其他 如手术后伤口感染或其他创面感染、皮肤软组织感染、腹腔感染、心内膜炎、骨髓炎、关节炎等，均可由克雷白杆菌引起。临床表现与其他细菌所致的疾病类似，较易形成脓肿。肺炎克雷白杆菌鼻硬结亚种可致慢性肉芽肿性硬结症，最常累及鼻腔、鼻窦、咽喉部、气管及支气管等部位。其组织学上可有坏死和纤维组织增生，可见到具特征性的含革兰阴性杆菌的泡沫状细胞(即所谓Mikulicz细胞)。肺炎克雷白杆菌臭鼻亚种(俗称臭鼻杆菌)可引起鼻黏膜和鼻甲萎缩的臭鼻症，与硬结症不同的是，臭鼻症并非原发的细菌感染，还可能有其他因素参与其发病。
典型的肺炎克雷白杆菌肺炎常发生于中老年男性、长期饮酒的慢性支气管肺病患者，有较典型的临床表现和X线征象，结合痰培养结果，不难诊断。但在有严重原发疾病基础上的发病者，临床表现多不典型，诊断较为困难。凡在原有疾病过程中出现高热、白细胞和中性粒细胞增多，X线胸片上出现新的浸润病灶，而青霉素治疗无效者应考虑本病。连续2次或2次以上痰培养阳性，或胸腔积液、血培养阳性可以确诊。多数败血症患者的白细胞总数明显增多，嗜中性粒细胞增高;但血液病患者或用抗代谢药物者白细胞数可不增加，或反有减少。其他如尿路感染及脑膜炎患者的尿液及脑脊液均有相应变化。确诊应根据细菌培养结果。鼻硬结亚种所致慢性肉芽肿性硬结症，活组织检查中找到Mikulicz细胞具确诊价值。