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(一)治疗
1.全身治疗 包括柳氮磺吡啶(柳氮磺胺吡啶)、糖皮质激素、硫唑嘌呤等，使用前应除外肠结核。鉴别困难者可先行2～3个月的抗结核治疗。
SSZ为首选药物，开始每天2～3g，分4次口服，活动期每天4～6g，维持量为每天2～3g。若用药2周无效，可改用泼尼松每天30～40mg，分3～4次口服。严重者可用ACTH20～40U肌注或静滴。有降结肠病变者，可并用氢化可的松保留灌肠。SSZ对早期病例有效，见效后应尽早减量，有腹腔内感染和败血症者禁用，有瘘管形成者慎用。长期用药能引起菌群失调，使手术病例增加，病死率也明显上升。
硫唑嘌呤或巯嘌呤(6-巯基嘌呤)与糖皮质激素合用，可减少后者的用量，但单独使用不比SSZ和糖皮质激素效果好。甲硝唑(灭滴灵)每天0.4～0.6g，分2～3次口服，对不太顽固的病例有效。
2.外科治疗 需手术者达70%以上，急性者往往被误诊为急性阑尾炎而予手术，一旦发现是本病，就不能行阑尾切除，否则可形成肠瘘。手术的适应证包括不可逆性肠狭窄或肠梗阻、难治性肠瘘、腹内脓肿、穿孔、大出血、癌变和内科治疗无效者。手术效果不如溃疡性结肠炎好，复发率高达50%以上。手术后由于胆汁酸代谢变化及肠内细菌丛变动，可引起有机酸代谢障碍、胆石症、尿路结石或骨关节障碍，有时手术可成为直接或间接的死亡原因，故应慎重，切除范围不宜超过3.0cm。
3.对症治疗 急性及活动期宜安静卧床，避免劳累和精神刺激，应给予高热量、低脂肪、低渣和易消化的食物。补充铁剂、各种维生素和电解质(钠、钾、氯、钙、镁)，输血、血浆、人血白蛋白和多种氨基酸制剂。静脉给予高营养疗法有利于改善肠道功能与增强病人体质。使年轻人发育不受影响。因广泛回肠病变或切除后引起的腹泻，可用考来烯胺(胆酪胺);脂肪吸收不良者可用中链三酰甘油;合并感染者可用抗生素，但应注意林可霉素和克林霉素(氯林可霉素)有引起溃疡性结肠炎样肠炎的可能。以上治疗对早期病人可收到明显效果。
(二)预后
2/3以上的急性病人在发作消退后不留痕迹。急性重症病人可在数天内死亡。典型慢性病人可呈慢性间歇性发展，其危险性随病程的延长而增加。内科治疗缓解率有限，病变不可能完全消失。大致能维持健康状态者仅占10%～20%。有的病人尽管临床表现近似健康人，但疾病仍在发展，而且多有一种或几种并发症。手术复发率高，5～10年内可有50%～80%的病人复发。结肠克罗恩病的结肠癌发生率比一般人高约20倍，小肠癌发生率约为0.3%。克罗恩病的病死率约为10%，死亡原因为腹膜炎和脓毒血症。
