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由于淋巴细胞脉络丛脑膜炎的发病原因或是具体的临床症状具有普遍性，因而与中毒性痢疾，结核性脑膜炎，化脓性脑膜炎，流行性腮腺炎脑膜脑炎，脑型疟疾，其他病毒性脑炎(具体包括各种病毒疾病）相混淆
鉴别诊断
中毒性痢疾：发病更急，一开始即有高热，抽搐发生较早，有些患者有脓血大便，如无大便，可用生理盐水灌肠后，留粪便标本镜检，可发现脓细胞。
结核性脑膜炎：患者起病前身体健康欠佳，可能发现肺部结核病灶，结核菌素试验阳性，脑脊液含糖量及氯化物降低，蛋白含量高，放置后可有薄膜形成，有时涂片抗酸染色，可检出结核菌。
化脓性脑膜炎：患者身体其他部分可同时存在化脓病灶或出血点。脑脊液混浊或脓性，白细胞数多在2×109/L以上，有大量脓细胞，涂片或细菌培养检查可发现致病菌。
流行性腮腺炎脑膜脑炎：多有接触腮腺炎患者的病史，多发生在冬春季节，注意检查腮腺是否肿胀。临床上有先发生脑膜脑炎后出现腮腺肿大的，如腮腺肿胀不明显，可作血和尿淀粉酶测定。
脑型疟疾：除中枢神经系统症状和体征外，多有不规则畏寒、发热和出汗，脑脊液无显著变化，肝脾多肿大，血涂片可查见疟原虫。
其他病毒性脑炎：柯萨奇病毒、埃可病毒、淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒、单纯疱疹病毒，和其他病毒引起的散发性脑炎，在临床上很难与乙脑鉴别，须依靠血清学检查与病毒分离。
疾病的鉴别诊断极具科学性，专业性，一旦误诊后患无穷，所以，我们在分辨是什么样的疾病的时候更应该慎重，小心，谨慎。