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本病需与垂体腺瘤、细菌性垂体炎、垂体增生、Sheehan综合征等相鉴别。
1.垂体腺瘤 分泌性垂体腺瘤多有某种腺垂体激素过多的表现，借此可与本病鉴别。分泌性垂体腺瘤中的PRL瘤易与本病混淆，但PRL瘤病人血PRL升高较本病更为明显。无功能垂体腺瘤无垂体激素过多的症状(PRL可轻至中度升高)，表现为腺垂体功能减退，与本病很相似，但无功能垂体腺瘤的占位症状(头痛、视力减退、视野缺损等)较本病常见且显著。此外，无功能垂体腺瘤引起的腺垂体功能减退以促性腺激素减少最先出现且最为常见，ACTH和TSH减少出现较晚且较少见;淋巴细胞性垂体炎引起的垂体功能减退则以ACTH和TSH减少较先出现，且最为常见，促性腺激素减少出现较晚，且相对少见一些。影像学检查对垂体腺瘤和本病的鉴别有很大价值：在CT和MRI上，垂体腺瘤病人垂体为局灶性增大，本病则为弥漫性、均质性增大;垂体腺瘤可有蝶鞍骨质的破坏，本病一般没有。
2.细菌性垂体炎 细菌性垂体炎极为罕见，为垂体的急性化脓性感染，多因细菌性脑膜炎扩散所致(极少因败血症播散而引起)。细菌性垂体炎急性起病，病前多有化脓性脑膜炎的病史，发热等全身症状明显，血象升高，借此可与淋巴细胞性腺垂体炎鉴别。
3.垂体增生 垂体增生与淋巴细胞性腺垂体炎在影像学上几乎无法鉴别， 二者的临床表现不同。生理性垂体增生(如妊娠期的垂体增生)没有任何临床症状，实验室检查亦无腺垂体功能减退的证据，惟血PRL水平可轻度升高;病理性垂体增生多有某种腺垂体激素增多的表现。如能获取垂体组织作病理学检查，则可做决定性的鉴别。
4.Sheehan综合征 本病好发于产后，且常有腺垂体功能减退的表现，应与Sheehan综合征鉴别。但Sheehan综合征病人多有产时或产后大出血史，垂体影像学检查可见垂体萎缩，无头痛、视野缺损、视力受损等表现。
5.坏死性漏斗垂体炎(necrotic infundibulohypophysitis) 坏死性漏斗垂体炎为罕见疾病，以中枢性尿崩症为主要表现。坏死性漏斗垂体炎如累及腺垂体其表现酷似淋巴细胞性垂体炎，一般需借助组织学检查方能与淋巴细胞性垂体炎鉴别。垂体影像学检查对鉴别诊断亦有意义：坏死性漏斗垂体炎多有垂体柄增粗，而淋巴细胞性垂体炎垂体柄增粗较少见。