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鹦鹉热潜伏期为1～2周。临床症状可以是轻度的或一过性的流感样症状，也可以是急性发病，伴有高热，剧烈的头痛和肺炎。鹦鹉热衣原体肺炎的临床表现类似肺炎衣原体肺炎，开始有发热、寒战、头痛、出汗和许多其他常见的全身和呼吸道症状，如不适、关节痛、肌痛、咯血和咽炎。
肺部很少有阳性体征，偶可闻及细湿?音和胸膜摩擦音，双肺广泛受累者可有呼吸困难和发绀。躯干部皮肤可见一过性玫瑰疹(Horder斑)。严重的肺炎可发展为谵妄，低氧血症甚至死亡。鹦鹉热累及心脏时，心电图呈心肌炎改变。另外，鹦鹉热临床表现还可有贫血、反应性肝炎、肝脾肿大、蛋白尿等。鹦鹉热肺部X线主要表现不同程度的肺部浸润，如弥漫性支气管肺炎或间质性肺炎，但无特异性。肺内病变吸收缓慢。
鹦鹉热衣原体肺炎的临床症状及X线表现均无特异性，不能与肺炎衣原体肺炎相鉴别。怀疑有鹦鹉热的病人必须有暴露于鹦鹉等鸟类的病史，如有养宠鸟的历史，或有养宠鸟的朋友或邻居，或去过另一个地区养鸟的家庭，以及有鸟类或禽类职业接触史。确诊有赖于实验室诊断。
1.最可靠的方法是进行鹦鹉热衣原体的培养，取鼻咽部或咽后壁拭子、气管和支气管吸出物、肺泡灌洗液等标本培养，分离物可用鹦鹉热衣原体种特异性单克隆抗体进行鉴定。
2.应用PCR试验对上述标本进行检测对诊断有很大帮助，但需要注意质量控制，防止出现假阳性结果。
3.微量免疫荧光试验(MIF)是目前国际上标准的且是最常用的衣原体血清学诊断方法，但在鹦鹉热衣原体做诊断时应谨慎，除病人具有病鸟接触史以外，血清标本应同时检测沙眼衣原体、肺炎衣原体和鹦鹉热衣原体抗体并比较抗体滴度，以滴度最高作为感染的衣原体种，从而确定是否是鹦鹉热衣原体，因为三个衣原体种之间可能存在血清学交叉反应，鹦鹉热衣原体肺炎的临床症状类似于肺炎衣原体肺炎，但前者的发病率远远低于后者。血清学诊断标准为：MIF试验IgG≥1∶512和(或)IgM≥1∶32，在排除类风湿因子(RF)所致的假阳性后可诊断为近期感染，双份血清抗体滴度4倍或以上升高也诊断为近期感染。