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1.内稳态失衡 十二指肠外瘘发生以后，肠液大量丢失，其排出量>1000ml/24h，流量大者每天可达5000～6000ml。此时循环血量严重不足，电解质和酸碱度失衡。
2.出血 腹腔内出血是肠外瘘特别是十二指肠瘘和高位空肠瘘的早期并发症。出血的部位可以是腹腔内被腐蚀消化的血管，也可能是肠瘘口缘、瘘管肉芽组织，还有可能因胃肠道应激性黏膜糜烂引起出血。
3.感染 腹腔感染及全身感染是肠外瘘病人死亡的主要原因。腹腔感染包括腹膜炎、腹腔脓肿和腹腔内脏器感染。早期以腹膜炎为主，中后期以腹腔脓肿和腹腔内脏器感染为主。有些病人的肠瘘就是在原有腹腔内感染的基础上发生的，肠瘘与腹腔内感染同时存在，形成恶性循环，如重症胰腺炎并发的肠外瘘。
4.营养不良 消化液丢失致食物消化不完全，营养吸收不良。