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1.胃肠造影 对早期肠外瘘患者可口服或经胃管注入60%的泛影葡胺60～100ml，多能清楚显示肠瘘情况。无论是肠腔内还是漏入腹腔的泛影葡胺均可很快吸收。造影时应动态观察胃肠蠕动与造影剂分布情况，注意造影剂漏出的部位、漏出的量与速度，有无分支叉道和脓腔。由于60%的泛影葡胺亦属高渗液体，个别肠道功能好的患者检查后会有短暂的腹胀与大便次数增多。肠道无运动功能的也可很快将造影剂吸收，腹胀症状很快缓解。
由于肠外瘘往往伴有炎性肠梗阻或肠粘连所致的不全梗阻，故临床上不宜使用钡剂进行消化道造影，钡剂造影会加重消化道梗阻程度，使不全梗阻发展为完全性肠梗阻。
2.瘘管造影 当瘘管已经形成，可先行瘘管造影。有时消化道造影不能满足诊断要求，需补充经瘘口或引流管口的造影检查，仍以60%的泛影葡胺作造影剂，直接经皮肤瘘口注入造影剂，而不宜用导管插入瘘管后再造影，以免造影剂直接进入肠腔而不能显示瘘管的情况及瘘管周围的情况，如叉道、脓腔等。瘘管直接造影较消化道造影更能了解瘘管的情况，瘘管所在肠段的情况。若不需了解其他肠襻的情况，如有无梗阻和器质性病变，则不再需要作全消化道造影。一次瘘管造影即能明确诊断，制定治疗方案。
3.腹腔穿刺 抽出胆汁样肠液，有时含有食物残渣。
4.口服骨炭或亚甲蓝溶液试验 从创口流出染色的液体，可以证明肠瘘的存在，从流出的时间、液体颜色和量，也可以粗略估计瘘口大小、位置。口服的量应稍大些，以便观察。
5.腹部平片检查 有助于十二指肠外瘘的诊断，平片如显示有腹腔大量积气或液平多提示有肠瘘存在。通过腹平片还可提示有无合并的肠梗阻。但此检查无法明确诊断。
6.CT检查 是临床诊断肠瘘尤其是肠瘘合并腹腔和盆腔脓肿的理想方法。应尽可能在患者口服造影后再进行CT检查。在胃肠道充盈造影剂后，有助于与腹腔外积聚的液体区别，偶可发现脓腔与和肠瘘口交通的瘘管。无腹壁外开口的“腔内瘘”往往不易通过传统的胃肠造影和瘘管造影确诊，通过CT的连续扫描多可发现此类型的肠外瘘。
7.B超检查 虽可帮助诊断腹腔内有无积液或脓肿，但因有肠胀气而欠准确，更无助于诊断肠瘘是否存在或明确肠瘘所在部位。