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食管克罗恩病是一种肉芽肿性食管炎，如作为克罗恩病的一部分，与其他消化道炎症疾病容易鉴别。如单独存在，则需要与食管结节病、食管真菌病和食管结核病进行鉴别诊断，前者较难鉴别，后者可通过细菌和真菌培养或涂片染色检查作出鉴别诊断。有些食管疾病酷似食管克罗恩病的表现，其中食管贝赫切特病(Behcet病)与克罗恩病的鉴别诊断尤为困难。食管肉瘤样变、食管静脉曲张、反流性食管炎有时也易与食管克罗恩病混淆。文献中有食管癌与克罗恩病并存及食管克罗恩病癌变的报道。