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外周血象呈轻、中度贫血;白细胞计数一般正常，病情活动特别是存在并发症时可升高;血小板计数明显升高，且与炎症活动程度相关。病变活动时血清第Ⅷ凝血因子升高，血沉增快，C反应蛋白及其他急性时相性反应物如α1抗胰蛋白酶、α1抗糜蛋白酶、α2球蛋白、β2微球蛋白、A淀粉样蛋白等均可升高。新蝶呤是单核巨噬细胞受活化T淋巴细胞分泌的γ干扰素诱导后释放的物质，当细胞免疫改变时，尿新蝶呤增多，其水平与病情严重程度呈负相关。血清溶菌酶活力在CD及其他肉芽肿病变时均可升高。血清血管紧张素转换酶亦为肉芽肿病变的标志物，但在CD时其活力正常或降低。近年还发现，抗酿酒酵母抗体可能是CD的特异性标志物。
1.X线检查 食管钡剂造影在食管克罗恩病的不同时期可有不同征象。其特征为典型的潜行性溃疡及管壁增厚。这些溃疡的表现与疱疹性食管炎中所见相似，即孤立的、散在的多处溃疡。病变早期食管黏膜呈慢性溃疡性食管炎表现，即食管黏膜不规则增粗、变平及管腔狭窄;随着病变进一步进展，在食管腔内可见纵行裂隙状溃疡形成的条状存钡区，并有横行窦道与之交错，呈“鹅卵石征”(cobblestones);在病变后期，由于局部食管壁组织纤维化而导致管腔明显狭窄，管壁僵硬。上述病变初见于食管下段，以后逐渐向上蔓延，直至累及整个食管。偶有克罗恩病的主要X线表现为病变局部食管腔狭窄，食管黏膜中断或充盈缺损，管壁僵硬，不易与食管癌相鉴别。
2.内镜检查 食管克罗恩病的食管黏膜以炎性改变为主。内镜检查特征性表现：最早期食管黏膜变化为多发性、边界清晰的隆起性小红斑，其周围黏膜正常。随着病情进展，在上述病变基础上形成口疮样溃疡，单个或多个，大小不一，直径为0.1～1.5cm，邻近黏膜外观可完全正常;病情进一步发展，食管黏膜溃疡增大呈线形，长0.5～3.0cm，宽0.5～1.0cm，深0.1～0.5cm，边缘呈挖掘状，有些溃疡表面覆盖有坏死组织形成的膜。由于炎症侵犯食管黏膜下层，使其表面的黏膜层高低不平;以后病变部位可见多发性口疮样溃疡和(或)线状溃疡，溃疡底部覆盖白色纤维素，溃疡边缘呈红色;严重时受累食管壁因组织纤维化、增厚和狭窄而呈“花园浇水管”(garden hose)状;病变局部的食管黏膜可有不规则息肉样结节，呈“鹅卵石”样外观。食管腔中心的狭窄性病变组织构成炎性肿块与食管癌易混淆。