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结肠小袋纤毛虫感染后多数人并无症状，发病者不足1/5，临床表现可分为急性和慢性两型。
1.急性型 起病急骤。腹泻明显，每天数次或十余次，严重者可达数十次之多。大便有黏液或脓血，但多无阿米巴痢疾的腥臭味。腹痛常见并伴有里急后重，脐周或双下腹有压痛。患者多有不规则发热、恶心呕吐、乏力及食欲减退。严重患者可导致脱水、营养不良及消瘦，偶可导致肠穿孔。本型病程较短，往往不治自愈。
2.慢性型 起病隐匿，以反复发作的腹泻为主要表现，病程可长达数月至数年，并呈周期性发作，常因劳累、受凉、饮酒或进食脂肪食物而诱发。大便每天数次，多为糊状或水样，有黏液但脓血少见。少数患者表现为腹泻与便秘交替。患者多伴有腹胀，阵发性腹痛，肠鸣音活跃，双下腹压痛等。病程长者可有消瘦、贫血、体重下降、易激动、失眠等。
对急、慢性腹泻病因不明，按细菌性痢疾治疗无效者，应考虑原虫性腹泻的可能性。若患者有与猪密切接触，则应高度警惕本病存在。粪便或肠黏膜组织活检发现本虫滋养体或包囊即可确诊。结肠小袋纤毛虫可在多种溶组织内阿米巴培养基中生长，必要时可取新鲜粪便进行培养帮助诊断。