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本病应与功能性杂音、肺动脉瓣狭窄、肺静脉异位引流、室间隔缺损等鉴别。
1.功能性杂音 其收缩期杂音较短，无固定性第二音分裂以及心电图、X线检查和心脏超声可帮助鉴别。
2.肺动脉瓣狭窄 杂音响亮、呈喷射性，常伴震颤，P2减低或缺如，X线可见肺纹理稀少，肺野清晰，右心导管检查可发现右心室与肺动脉间有收缩期压差。
3.肺静脉异位引流 下文叙述。
4.室间隔缺损 杂音位置较低，多伴有震颤，除右心室肥大外，左心室亦常肥大，心脏超声及右心导管检查有助诊断。
5.原发孔未闭 与继发孔未闭的临床表现极为相似。房间隔缺损患者心尖部闻及反流性收缩期杂音，心电轴左偏，P-R间期延长或伴不完全性右束支传导阻滞，应高度怀疑原发孔未闭。二维超声或右心导管检查示缺损的部位较低，接近三尖瓣口附近。右心房血氧含量增高，右心室更高，多普勒彩超或心血管造影可明确房室通道或二尖瓣关闭不全等改变。
6.房间隔缺损合并畸形 (1)Lutembacher综合征：即房间隔缺损合并二尖瓣狭窄，心血管造影可确诊。
(2)房间隔缺损合并肺动脉口狭窄(法洛三联症)：10%～15%房间隔缺损合并肺动脉口狭窄。肺动脉瓣区杂音响亮而粗糙，有震颤，P2减弱或消失。V1导联R波多高于1.6mV，右心导管检查可确诊。
(3)房间隔缺损合并室间隔缺损：较单纯性房间隔缺损严重，临床表现类似室间隔缺损伴肺动脉高压。心电图示双心室增厚，心电轴多右偏。确诊有赖于心导管检查及心血管造影检查。
(4)房间隔缺损合并肺静脉异位引流：房间隔缺损中约15%合并肺静脉异位引流。临床表现与房间隔缺损相似，但程度略重，确诊有赖于心导管与心血管造影检查。
(5)单心房：房间隔完全缺如，左右心房不分，血液混合，多有轻度发绀。临床表现与完全性心内膜垫缺损相似。心导管检查左心房、右心房、双心室、肺动脉、主动脉血氧浓度几乎相等。多普勒彩超和心血管造影可助诊断。
