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大多数患者血、尿及粪的检查呈阻塞性黄疸所见。梗阻性黄疸的一系列检查均为异常，包括血清胆红素，主要是直接胆红素明显升高，碱性磷酸酶和γ-谷氨酰转肽酶也升高。可有不同程度的急性肝功能不良的表现。少数患者各项检查指标可基本正常。合并囊肿内感染者可见外周血象白细胞计数增高和中性粒细胞增高等的炎症改变。本症有相当比例的病例，尤其是梭状形者病程中被发现血、尿的胰淀粉酶增高，而被误诊为单纯的急性胰腺炎。临床实际病例中确有合并胰腺炎者，但多数病例为由于胰胆合流异常存在。胰液会反流入胆管、甚至肝内胆管，在毛细胆管中胰淀粉酶可通过肝静脉窦而反流入血循环所致，多非真性胰腺炎。
1.B超 是最为简便且无创的检查手段，可初步获得诊断。可见肝下方界限清楚的低回声区，可确定囊肿的大小，胆管远端的狭窄程度，并可知肝内胆管扩张的程度和范围及是否合并胆管内。本法具有无损伤、无射线、方便易行、费用较低、可动态观察等优点，且诊断正确率可达94%。
2.CT扫描 可明确肝内外胆管有无扩张、扩张的部位、程度及形态、位置，胆总管远端狭窄的程度以及有无肝内胆管扩张，扩张的形态及部位等，有助于术式的选择。以断面图像显示病变，可借助静脉注射碘造影剂显示管状结构，有较高的定位及定性价值，具有与B超相类似的作用。但其只能横断胆管，不能显示梗阻胆管的长度，且有射线，价格昂贵。与B超可互补。
3.逆行性胰胆管造影内镜造影(Endoscopic retrograde cholangio pancreatography，ERCP) 用小儿十二指肠纤维内镜经十二指肠乳头插入导管造影，可显示胰胆管全貌，尤其对胰胆管合流异常更能清晰显影，对治疗方法的选择提供可靠依据。ERCP 损伤相对较小，对小儿需全麻，成人仅黏膜浸润麻醉即可，无明显的器质性损伤。造影易成功，且可获得优于PTC的诊断效果。目前，在国外也可对新生儿顺利进行ERCP的检查，对胰胆合流异常的诊断更为有效。通过十二指肠镜可将造影剂直接注入胆管和胰管内，直接显示胆管囊肿的全貌。在成人这是一种常规的检查方法。但对于小儿来说，需一定的条件和设备，在年长儿童中应用较多。
4.经皮肝胆管造影(PTC)检查 通过该项检查可：
①了解肝内胆管囊性扩张的部位，可为手术选择提供指导。
②了解有无胰腺管的合流异常及胰胆管远端的病理变化。
③明确诊断。了解远近端胆管的狭窄程度。
④采取胆汁，进行细菌学检查。穿刺前需作凝血酶原时间的检查，若凝血机制不良多不用此法。 PTC用细针将造影剂直接注入肝内胆管，通过显影肝内、外胆管，可直接观察到胆道畸形的情况。但由于本检查法需全麻配合且损伤大，有穿刺失败、引起气胸、胆漏及出血等的危险性，目前多由ERCP所替代。
5.放射性核素肝胆扫描 用99mTc可直接动态观察肝胆系统的形态和功能，亦可观察到胆管囊肿的位置、大小、形态及排泄情况。
6.上消化道钡餐检查 可见十二指肠窗扩大，前后径变扁，左右径变宽，侧位片见十二指肠降部向前移位见图2所示，即可确诊。
7.上消化道X线造影囊肿较大时，于右上腹部可见边缘光滑，密度均匀的软组织肿块，并可显示胃窦和十二指肠向下、向左移位，十二指肠曲扩大，呈弧形压迹;侧位片可见胃及十二指肠受压，十二指肠框扩大，向前移位。但对于梭状形胆管扩张症其普通X线检查较难诊断。
8.胆道造影 口服或静脉胆道造影，因造影剂被稀释，多数显影不清楚。当有肝功能严重损害时不宜采用。目前多由较先进的检查方法来替代，临床已基本停用。术中胆道造影，将造影剂直接注入胆囊或胆管内，显示整个肝内、外胆管，了解病变性质和范围，对诊断及确定术式很有帮助。
9.磁共振胰胆管呈像技术(magnetic resonance cholangio pancreatography，MRCP)是目前最新的胆管造影法，不需要造影剂，经计算机处理后，仅留胆管和胰管较清楚的立体结构影像。是20世纪90年代才成熟应用到临床的一种高新无创呈像技术。利用磁共振的特殊呈像技术获得清晰的胰胆管呈像效果，甚至可明确地判断出是否合并胰胆合流异常。近年大量临床研究表明，单纯的胆管扩张症的诊断远不能适应正确指导手术。