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(一)治疗主要是对症治疗，消炎、利胆及免疫抑制药、抗纤维化及并发症的治疗，终末期宜进行肝移植。广谱抗生素能控制急性胆管炎的发作，亦可采用中药消炎利胆，加强营养。外科治疗的指征是：病变局限有扩张的胆管者，可行胆管十二指肠或空肠吻合，引流胆汁入消化道。硬化性胆管炎有致病原因时，可用手术方法去除病因。
1.胆汁淤积与肝功能不全的治疗可采取以下针对性措施：
(1)支持疗法：维持水、电解质平衡，维持正氮平衡，促进肝细胞再生，维护肝功能，纠正凝血机制障碍等。
(2)调节饮食：饮食中减少胆固醇及饱和脂肪酸含量，供给中链三酰甘油、亚麻油酸盐，增加糖、蛋白质含量(肝性脑病例外)，适当限制钠的摄入，晚期病例可供给要素(essential)饮食。
(3)瘙痒：可选用考来烯胺(消胆胺)、巴比妥类、抗组织胺药、利福平、熊去氧胆酸、阿片受体拮抗药。
(4)脂溶性维生素缺乏症：维生素A缺乏者占40%，维生素D缺乏者约14%，维生素E缺乏者约2%，宜分别进行防治;维生素K缺乏者，宜肠胃外给予维生素K，仍不能纠正者，提示肝功能不全，应加强支持疗法。
(5)脂肪泻：与肠道胆汁酸浓度降低、脂肪乳化不足/吸收不良有关，也可能由于同时存在的慢性胰腺炎/胰腺外分泌减少，或腹腔疾病(慢性吸收不良综合征)/肠道菌丛失调引起，除调节饮食外，可给予胰酶制剂、调整肠道菌丛制剂及适量口服抗生素。
(6)骨质疏松症：氟化钠及二磷酸盐化合物等。
(7)利胆治疗-熊去氧胆酸(UDCA)：其治疗作用机制：
①在胆汁酸池中潴积，以取代毒性胆汁酸，减少后者引起的继发性肝损害;
②在细胞水平与亚细胞水平上有保护肝细胞的作用;
③有高利胆活性(hypercholereticactivity);
④有免疫调节作用。早期研究报道用熊去氧胆酸(UDCA)13～15mg/(kg・d)，口服，持续1年，能显著改善PSC病人的临床症候、生化异常及肝活组织学改变，但近期随访2.2年的双盲对照研究提示：熊去氧胆酸(UDCA)组与安慰组的治疗结果无差别。因此，熊去氧胆酸(UDCA)治疗PSC的疗效，需进一步验证。
2.免疫抑制药应用免疫抑制药以阻断疾病的发展。
(1)免疫抑制药单用：已用于试验性治疗的免疫抑制药有下列几种：
①皮质激素：早期应用皮质激素口服，显示能改善生化指标，但缺乏长期对照研究;其后，用皮质激素进行胆管灌洗的局部治疗，与对照组比较，证明无明显效应。
②硫唑嘌呤：既往认为有一定治疗效果，现证明无效。
③环孢素：治疗结果不理想。
④甲氨蝶呤：已进行随机双盲对照试验治疗，证明治疗组无明显改善。
⑤他克莫司(Tacrolimus)：为新型免疫抑制药，个别开放治疗研究显示：仅对PSC病人的血清酶学有一定改善，尚待进一步确定其疗效。
⑥青霉胺：除具有免疫抑制作用外，尚有络合铜的作用，已证明PSC病肝组织含铜量增加，故该药曾用于PSC的治疗。一组前瞻性、随机、双盲、安慰剂对照研究，经36个月随访，根据临床表现、生化检测、放射学造影、肝活组织学检查以及生存时间，进行综合分析，显示青霉胺对PSC的进展及病人的存活率均无作用，且不良反应大，特别是肾毒性引起的蛋白尿最常见，因毒性被迫停药者达20%。现已不用。
(2)免疫抑制药/熊去氧胆酸(UDCA)联合治疗：
①泼尼松+秋水仙碱：Lindor通过为期2年的开放性治疗试验，显示血清生化指标及肝组织学无改善，且呈进展性变化，提示该联合治疗无效。
②甲氨蝶呤+熊去氧胆酸(UDCA)：Lindor报道该联合治疗与单纯熊去氧胆酸(UDCA)治疗组比较，该联合用药不仅无助于肝功能的改善，且易并发毒性反应。
3.抗纤维化治疗应用秋水仙碱抑制肝纤维生成，以延缓疾病的进展。晚近Olsson对48例PSC病人进行了多中心前瞻性、双盲、随机对照研究，秋水仙碱/安慰剂：1mg/d，口服，持续3年。结论：秋水仙碱对PSC病人的临床症候、血清生化指标、肝组织学及其生存时间均无作用。
4.并发症的治疗并发症包括：胆囊及(或)胆管结石，主要胆管狭窄及反复发作的细菌性胆管炎，胆管癌，直肠结肠切除术后回肠吻合口周围的静脉曲张(peristomalvarices)等。
(1)胆囊及(或)胆管结石：慢性胆汁淤积引起胆固醇结石，细菌性胆管炎引起色素结石，易引起细菌性胆管炎：
①症状性胆囊结石，宜行胆囊切除术。
②胆管结石：可在胆道镜下，置入取石网，套取结石，或用灌洗液进行冲洗。
(2)主要胆管狭窄及反复发作的细菌性胆管炎：
①气囊扩张：可在ERCP/PTC介导下，进行气囊扩张，并排出胆管内污泥样(biliarysludge)胆汁。气囊扩张的疗效，决定于肝内胆管狭窄的程度，仅轻度狭窄者效果好，反之则否。约50%PSC病人通过气囊扩张后，症状改善达2年，其中1/3病人再狭窄时，可反复进行气囊扩张。此法缓解瘙痒、降低黄疸、减少细菌性胆管炎反复发作等方面，是一种较为有效的治疗方法。
②支架置入：狭窄区置入支架6个月后，可使血清肝功能获得改善，随访中位时间29个月，57%病人可仍然保持无症状。但置入早期，约14%病人并发细菌性胆管炎，置入中、后期，约1/3的人并发反复发作性细菌性胆管炎。
③广谱抗生素：环丙沙星(Ciprofloxacin)在胆道的浓度高，对革兰阳性球菌及阴性杆菌均有作用，可作为细菌性胆管炎的预防用药，长期用药可减少细菌性胆管炎发作的频率与严重度。
④胆道-肠道支架吻合(biliary-entericstentinganastomosis)：经肝置入支架肝胆管分岔的重建(reconstructionofthehepaticductbifurcationwithlong-termtranshepaticstents)：支架吻合/支架重建，仅适于肝外狭窄，经气囊扩张/内镜支架置入无效的早期病人，对已有肝硬化及肝内严重狭窄的病人无效，后者宜选择肝移植。
(3)胆管癌：胆管癌的手术治疗、化疗、放疗已证明无效，进行肝移植者均复发;化疗与放疗联合应用，然后进行肝移植，这一试验治疗仍在进行中，有望可改善并发胆管癌的预后。
(4)回肠口周围静脉曲张：伴有IBD/CUC病人，直肠结肠切除的回肠吻合口周围的静脉，因肝硬化门脉高压症发生静脉曲张，常并发严重出血，控制出血的措施：
①手术局部处理/注射硬化剂，但效果不理想。
②应用降低门脉高压的药物如奥曲肽。
③经颈静脉肝内门体支架分流。
④严重肝功能衰竭者，肝移植是最佳选择。
(5)肝硬化并发症：见于晚期病人，与其他原因所致的失代偿性肝硬化一样，常见消化道出血、腹水、自发性腹膜炎、肝性脑病等，其治疗详见本章肝硬化1节。
5.肝移植终末期病人的治疗，肝移植(OLT)是最合适的选择，1年、5年存活率分别为90%～97%及85%～88%。选择肝移植的理想时间对于手术成功率很重要，一般用Mayo危险度计分作为手术参考指标，危险度计分高者手术病死率高，危险度计分低者则反之。一般而言，病人出现难治性/顽固性症状、体征、生化改变，以及终末期肝硬化并发症，是选择OLT的基本标准。OLT的并发症：
①急、慢性排异反应，引起胆管狭窄、胆漏;
②肝动脉血栓形成;③淋巴增生性疾病;④术后PSC再次复发者20%，但并不影响病人及其移植物的存活时间。病人伴发CUC者，OLT及其后的免疫抑制药治疗并不改变CUC的自然病程，也不影响直结肠腺癌的发生率;因此这类患者仍应每年进行结肠镜监测，以便早期检出结肠增生不良或结肠腺癌。
(二)预后继发性硬化性胆管炎，去除病因，可使病情缓解好转。原发性可因多次胆管炎、胆管狭窄于病后5～7年引起胆汁淤积性肝硬化、门静脉高压、上消化道出血及肝昏性脑而死亡。7%～10%的原发性硬化性胆管炎患者可发生胆管癌，行肝移植术以预防此并发症的最佳时机尚不清楚。