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目前治疗幽门螺杆菌的主要方案有两种，即三联疗法和四联疗法。其中三联疗法又分为传统三联疗法和标准三联疗法。
1.传统三联疗法
传统三联疗法又称鉍剂三联疗法，以鉍化合物、四环素甲硝唑为基础的三联疗法，费用相对较便宜。
2.标准三联疗法
标准三联疗法，又称质子泵抑制剂三联疗法，通常采用有效的1日2次的三联疗法，包括质子泵抑制剂、克拉霉素和甲硝唑；或质子泵抑制剂、克拉霉素和阿莫西林等，疗程1-2周，根除率为71%~96%。
3.四联疗法
质子泵抑制剂加鉍剂联合两种抗生素的疗法成为四联疗法，即在鉍剂三联疗法的基础上加上用质子泵抑制剂的四联根除疗法，可明显提高疗效，但依从性差。在国际上公认的四联疗法通常是指质子泵抑制剂+枸缘酸铋+阿莫西林+甲硝锉。
当然，还有其他的一些个性化的疗法，因人而异，这里就不具体介绍。幽门螺杆菌根除并非难事，但是根除后往往有容易重复感染，为何重复感染率较高，目前还没有统一结论。这可能与幽门螺杆菌的家族聚集现象有关，此外，药物治疗主要是针对胃部幽门螺杆菌，口腔牙菌斑中残存的部分幽门螺杆菌，由于药效难以达到，故难以清除。所以，在药物根治幽门螺杆菌的同时，建议使用清幽牙膏刷牙，以得到辅助治疗的作用（说明：清幽牙膏并非药物，其含有的乳清蛋白等对口腔中的幽门螺杆菌有抑制作用，只能起到预防和辅助治疗的作用）。
