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1.有明显精神症状者，应与精神分裂症等功能性精神病相鉴别。鉴别点主要是有无躯体症状和体征，意识障碍的程度等。
2.后遗症症状 成人以人格改变为主，儿童多见智能改变、行为改变等。精神症状均出现前，有明确的传染病感染史。
3.与其他脑器质性疾病相鉴别
(1)意识障碍的鉴别：流行病学特征、临床表现及实验室检查，可区分出不同脑器质性疾病所出现的意识障碍。
(2)和甲型脑炎鉴别：在临床上还应与甲型脑炎相鉴别。甲型脑炎帕金森综合征较多见且较严重，并可有短暂的恶化。乙型脑炎时帕金森综合征较轻，震颤、自主神经症状、瞳孔障碍等症状较少，好转的趋势也较明显。另外人格的变化，乙型脑炎和甲型脑炎有所不同，乙型脑炎一般为非进行性的，而且较轻。以上的差别主要由于在甲型脑炎中黑质的病变较乙型脑炎严重且呈进行性。此外，乙型脑炎后遗症中，严重智能障碍较为多见，张口反射、强握反射等原始动作也常见，瘫痪、舞蹈症在乙型脑炎中更多见。而甲型脑炎后遗智能障碍程度较轻，多为中度或轻度。