男性小便刺痛症状一般有尿道刺痒、有烧灼感和排尿疼痛，少数有尿频尿道口略微发红。晨起尿道口有少量粘液性分泌物或仅有痂膜口，或裤裆污秽及在小便时会出现尿流分叉的现象。有些患者需要用手用力挤压才能有分泌物从尿道口溢出。症状与淋菌性尿道炎相似，但程度较轻。部分患者无症状。患者同时发生淋病双重感染。
非淋菌性尿道炎40%---50%的是由沙眼衣原体沙眼生物变种，20%---30%是由解脲支原体引起。那么与人类有关的支原体有肺炎支原体、人型支原体、生殖道支原体。对支原体、衣原体可存在于健康携带者中。解脲支原体有分解尿素成氨的性能，对细胞有毒作用。支原体因无细胞壁，对于扰细胞壁的抗生素如青霉素等耐药。