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典型的巨人症与肢端肥大症表现特殊，不难诊断，但一些早期或不典型病例须与下述一些疾病相鉴别。
1.脑性巨人症 GH瘤所致巨人症要与脑性巨人症鉴别，后者较少见，出生后到4岁以前生长迅速，有早熟现象，常有脑积水，智力发育差。X线蝶鞍正常，血GH正常。
2.Marfan综合征 本病可与巨人症混淆，它是先天性中胚层发育不良性疾病，30%有遗传性。表现生长迅速，身高比正常人要高出许多，而躯体和手指、足趾细长，呈蜘蛛样，并常伴一些其他表现，如头部呈长形，有扁平足，皮脂缺乏，肌肉萎缩，半数以上有晶体脱位、视网膜剥离和先天性心脏病(主要是室间隔缺损和动脉导管未闭)。无GH升高和内分泌代谢的异常。
3.无睾巨人症 因性腺萎缩，性功能低下，致骨骺闭合晚，骨龄延迟，身材较高大、细长，类似巨人症，但X线蝶鞍不大，骨骼结构较巨人症和肢端肥大症小，指间距超过身长，GH水平正常，无内分泌改变。
4.皮肤骨膜增厚症 多为青年男性，外形类似肢端肥大症，手足增大，皮肤增厚，但无头颅增大，也无蝶鞍增大和压迫症状，无内分泌和生化代谢紊乱，血GH正常。