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(一)治疗
目前采用的抗囊虫药主要有吡喹酮和阿苯达唑，并可两药联合应用。
1.吡喹酮(Praziquantel) 为广谱抗蠕虫药，服后自胃肠道吸收，在肝脏代谢，其代谢产物90%以上由尿中排出，故在体内无蓄积作用，此药可通过血脑屏障破坏囊尾蚴头节的结构而具杀虫效果。用药后囊虫肿胀，囊液混浊，虫体变性坏死，释出的囊液和崩解的产物使周围水肿加剧并导致宿主抗体增加。严重者引起颅压迅速增加，发热及抽搐等免疫反应。药物本身尚有头痛、头晕、食欲减退、恶心、呕吐及荨麻疹等毒副作用。故在用药过程中常需降低颅压及采用激素等措施以消除上述反应。以小剂量“脱敏”治疗，可避免严重的急性杀虫反应。
战其民等(1987)的治疗经验认为对囊虫数量较少病情较轻的患者宜采用大剂量疗法，且日量不低于50mg/kg，对囊虫数量较多且病情较重的患者宜用低剂量治疗，日剂量不低于30mg/kg。均在2～3个月后进行第2疗程以避免强烈的治疗反应。
山东省寄生虫防治研究所采用30mg/(kg•d)，连服12天，间隔2～3个月再根据病情进行下一疗程，并按50mg/(kg•d)，连服12天。一般治疗3个疗程，认为此法适用于感染不太严重，颅压基本正常或偏高者。对颅内感染严重及颅压增高的患者，第1疗程剂量按10mg/(kg•d)，连服12天，间隔2～3个月再按上述方法递增剂量，并间隔3～6个月进行下一疗程，直至剂量为50mg/(kg•d)，连服12天。一般需5个疗程。这样可以极大降低杀虫反应导致的严重后果。
2.阿苯达唑(Albendazole) 为广谱抗蠕虫药，口服后经胃肠道吸收，肝内迅速代谢，24h内87%经肾由尿排出，13%由大便排出，无蓄积作用。本药可通过血脑屏障，其杀虫作用主要为破坏虫体骨架蛋白。本药虽然也有杀虫反应但对重度感染年老体弱，不能接受吡喹酮治疗者较宜。本药可能有致畸作用，孕妇禁用。
山东省寄生虫病防治研究所的治疗经验，认为阿苯达唑治疗严重感染的患者，其杀虫反应虽然较吡喹酮晚1～2天出现，但反应程度并不一定低于吡喹酮，也可引起急性颅压升高和过敏反应，并可引起肝脏损害。
3.阿苯达唑和吡喹酮联合疗法 适用于颅压增高，颅内感染严重并近期有绦虫感染的脑猪囊尾蚴病患者。阿苯达唑按20mg/(kg•d)，连服12天，然后接服吡喹酮30mg/(kg•d)。连服12天。间隔2～3个月进行第2疗程。先服阿苯达唑剂量同前，其后吡喹酮按30～50mg/(kg•d)，连服12天。第3疗程服吡喹酮按50mg/(kg•d)连服12天。山东省寄生虫病防治研究所用此三疗程递增法治疗脑猪囊尾蚴病415例，治愈率88.43%，有效率达99.76%。
在抗囊虫药物治疗中，应视病情采用不同剂量。谨防杀虫反应导致严重后果，故应正规降低颅压，采用激素脱敏以及合理应用抗癫痫药物。杀虫反应多在治疗后1～2天出现，但也可在疗程后仍继续加重。
脑室系统囊虫病以手术摘除治疗为主，若同时脑实质内也有囊虫寄生，手术后仍可进行抗囊虫药物治疗。因脑底蛛网膜粘连而导致梗阻性脑积水者应考虑脑室-颅外静脉分流术。椎管内囊虫病应行椎板切开囊虫摘除术治疗。
(二)预后
20世纪70年代，国内尚无特效抗囊药物问世，也无特异性诊断方法，误诊误治较为普遍。20世纪80年代以来，采用猪囊尾蚴病免疫诊断方法及CT、MRI等影像手段，使猪囊尾蚴病的诊断取得突破性进展。特效抗囊药吡喹酮、阿苯达唑相继应用于临床以及中药制剂方面的成功，极大地推动了脑猪囊尾蚴病临床治疗的发展。目前脑猪囊尾蚴病的总治愈率在90%以上。大多数经及时治疗的病人可痊愈，但弥漫性脑猪囊尾蚴病伴痴呆的患者预后不良。