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目前，还没有预防军团菌病的疫苗，只能靠早发现、早治疗以及预防为主的综合措施进行控制。
1.针对环境因素预防措施 重点对冷却塔、水管网以及其他可能导致有军团菌增殖、传播的固定设施，在设计、维修和管理上，制定相应的易于定期消毒清洗的操作实施方法，其次是卫生部门加强对区域内土壤、动物的军团菌监测工作，重点加强水源监测管理等。冷却塔不用时要排干水，定期机械清洗，除掉水垢。消毒供水系统方法主要有：升高水温(60℃)，定期冲洗供水管道，含氯消毒剂消毒。
2.定期检查 医院、宾馆、歌舞厅、电影院、办公室等处的水管网、空调、冷却塔水定期检查军团菌污染情况，一旦发现污染立即进行消毒处理。
3.定期清洗 对家居使用的空调机，经常清洗空气滤网。家庭用的热水管道、淋浴器、加热器等有可能存留水体的地方,注意进行定期清洗。
4.定期通风 在使用空调器的密闭空间，室内空气一定要注意定期开窗通风，绝不能一直总把窗户密闭。
5.加强保健 锻炼身体，提高机体抵抗能力，保护易感人群，年老或体弱者尽量少到人群密集，空气不畅的公共场所等一般防护措施。当前预防控制军团菌疾病要做好综合预防措施。