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原发性肺球孢子菌病一般不需要治疗。免疫功能低下的轻症患者可口服酮康唑,症状较重迁延不愈或有播散高危因素患者,可给予两性霉素B或酮康唑治疗以防播散和慢性化。慢性进行性球孢子菌肺炎,用两性霉素B每天0.5~0.7mg/kg或隔天1mg/kg,静脉注射至病情初步控制,常需10~12周,以后减为1mg/kg3次/周总量≥30mg /kg。酮康唑可以改善症状但停药后可能复发,一般可用400mg/d,根据临床反应和毒性反应,逐渐增至10~20mg/kg,疗程3~6个月或更长。粟粒样肺球孢子菌病一经诊断,应立即用两性霉素B剂量快速达到每天0.4mg/kg以上,合并脑膜炎患者,需加用鞘内注射。氟康唑亦有一定疗效。对重症、播散型患者,综合治疗有助于改善病情可用转移因子(TF)等。肺球孢子空洞持续6个月以上伴有反复咯血继发感染或高危患者(糖尿病)的症状性空洞,可行外科手术治疗。