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需与以下疾病相鉴别：
1.重型病毒性肝炎 重型肝炎可有深度黄疸、出血倾向、肾功能损害(肝肾综合征)，易与钩体病混淆。除流行病学的特点外，主要的鉴别要点是：
(1)起病形式不同。重肝的感染中毒症状轻而消化系统症状显著，罕有结膜充血。淋巴结肿大，无腓肠肌压痛。
(2)重肝的病程进展相对较缓慢。
(3)与钩体患者相比，重肝患者ARF出现较晚，罕见在1周内发生。肾功衰竭往往是重肝患者的临终阶段。
(4)重肝的肝功能损害程度与黄疸程度成正比，也较钩体为重。
(5)肝炎病毒标记物检查和钩体病的特异性诊断试验，对两者的鉴别具有决定性的意义。
2.流行性出血热 有畏寒、发热、出血与肾损害，其中约20%的患者有腓肠肌痛和压痛，酷似钩体病。但流行性出血热常有较突出的头、眼眶及腰疼痛，颜面、颈，胸部充血，眼结膜和口腔黏膜充血、水肿，皮肤黏膜瘀点，胸、腋下瘀点呈搔抓样。退热后症状加重。黄疸少见，尿中常有膜状物，血清学检查可测得相应的特异性抗体。
3.急性肾小球肾炎 临床上有水肿、血尿、蛋白尿，尿中有红、白细胞和管型。常可发生肾功能损害，严重者出现氮质血症。但无明显发热，也无钩体病的早期感染中毒症状以及相应的其他临床特征，如出血、黄疸等。
4.急性肾盂肾炎、败血症、急性溶血性贫血等，均可表现为发热和肾损害，应与钩体病性肾衰相鉴别。