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黄杆菌肺炎是机会致病菌，多发生在住院且处于衰竭状态的患者或住监护病室的危重患者。这些高危人群是临床预防黄杆菌肺炎的重点。尤其在进行呼吸机治疗、雾化吸入及气管内诊断治疗操作时要严格消毒各种器械，气管内套管要每天煮沸消毒1～2次，吸痰管最好使用一次性的，呼吸机管道要定期清洗浸泡消毒。病室空气也应定期消毒。医务人员或陪员有时呼吸道可带黄杆菌，所以对高危易感患者进行检查治疗护理时应严格要求戴口罩。
一旦发生黄杆菌感染或流行，应严密隔离感染患者，以防感染扩散。同时进行流行病学调查，对各种器具和器械、患者分泌物、空气等进行反复细菌培养，鉴定菌型菌种，指导临床防护和治疗。
在大量长期使用广谱抗生素时，一定要注意体内菌群失调，防止机会致病菌乘机繁殖。所以在没有明确指征时切忌长期使用广谱抗生素进行预防性治疗。对于大量使用肾上腺皮质激素和免疫抑制剂的患者应特别注意预防这类致命性感染的发生。
医院感染控制机构应定时定点对重点监护病房、黄杆菌易感病区进行病原学检查和预测，凡检出黄杆菌的病区内各种用具、空气应进行彻底消毒，防止感染发生。