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本病应与下列疾病作鉴别诊断。
1.肝片形吸虫病 由肝片形吸虫(Fasciola hepatica)寄生于牛、羊的胆管或肝脏所引起，是家畜寄生虫病。人偶可因食用含有此虫囊蚴的水生植物或饮用被囊蚴污染的生水而感染。其临床表现与华支睾吸虫病相似但病情较重，梗阻性黄疸较常见，易并发胆道出血。粪便发现虫卵可确诊。我国已有十余例报告。
2.异形吸虫病 华支睾吸虫与异形吸虫(Heterophyes heterophyes)的混合感染或异形吸虫单独感染的例子，我国已有发现。异形吸虫的生活史与华支睾吸虫相似，但此虫主要寄生于肠黏膜深处，可随血流侵入人体其他脏器造成局部栓塞与异位损害。异形吸虫的虫卵与华支睾吸虫的虫卵的形态、大小极为相似，在粪检时应注意鉴别。
3.其他吸虫病 横川后殖吸虫(Metagonimus yokogawai)及猫后睾吸虫(Opisthorchis felineus)的虫卵均与华支睾吸虫的虫卵很相似，亦应注意鉴别。横川后殖吸虫病在我国已发现10余例。在世界许多地区都有人体猫后睾吸虫感染，感染人数估计超过100万人，我国还没有确实的人体感染报道。
4.无黄疸型病毒性肝炎 无进食未经煮熟的淡水鱼(或虾)历史，有与病毒性肝炎患者密切接触史，其消化道症状及肝区隐痛等均较显著，肝脏普遍肿大，肝功能明显异常，肝炎病毒的血清学标志物检测可呈阳性。粪便检查无华支睾吸虫卵。
5.胆囊炎 华支睾吸虫所引起的胆囊炎、胆管炎应与胆石症及合并细菌感染引起胆囊炎相鉴别，它们的临床症状相似，血清免疫检测及粪便虫卵检查阳性可明确诊断。
6.原发性肝癌 患者年龄较大，肝痛较明显，肝脏进行性肿大，表面可触及结节及肿块，全身消瘦，甲胎蛋白明显增高。超声波检查、放射性核素肝扫描、CT或磁共振检查均可辅助诊断。肝活体组织检查可明确诊断。