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潜伏期为1～2个月。
本病一般起病缓慢，仅少数短期内重度感染的患者临床上表现为急性发病。
轻度感染者常无症状或仅在食后有上腹部饱胀感、食欲缺乏或轻度腹痛。患者易疲劳。粪便中可检出虫卵。
较重感染者通常起病较慢，有食欲缺乏、上腹饱胀、轻度腹泻、肝区隐痛。24%～96.3%的患者有肝大，以左叶为明显，有压痛和叩击痛。可伴有头晕、失眠、疲乏、精神不振、心悸、记忆力减退等神经衰弱症状。个别患者因大量成虫堵塞胆总管而出现梗阻性黄疸，甚至发生胆绞痛。
慢性重复感染的严重病例发展为肝硬化及门脉高压时，出现消瘦、贫血、腹壁静脉曲张、肝脾大、腹水、黄疸等。严重感染的儿童可出现营养不良和生长发育障碍，甚至可引起侏儒症。
严重感染者常可呈现急性起病。潜伏期短，仅15～26天。患者突发寒战及高热达39℃以上，呈弛张热。食欲缺乏、厌油腻食物、肝大伴压痛，有轻度黄疸，少数出现脾大。数周后急性症状消失而进入慢性期，表现为疲乏、消化不良、肝大伴压痛等。
临床病情程度：华支睾吸虫病症状轻重不等，一般可将其分为三度：①轻度：可无自觉症状，只在粪便检查时才发现虫卵者。或有轻度胃肠道症状，如食后胃部有压痛感，软便等。约占35%。②中度：主要有较明显胃肠道症状，如食欲缺乏、消化不良、右上腹胀痛，肝大，轻度水肿。如并发细菌感染可继发胆管炎、胆囊炎。约占55%。③重度：有明显胃肠症状，反复腹泻或便秘，右上腹疼痛或有脾大、腹水、贫血等。多见于儿童，约占10%。
临床分型：本病临床表现多种多样，归纳可分为八个临床类型：①无症状型：无自觉症状，在粪便检查或十二指肠引流液检查时发现虫卵而诊断。占16.9%～40.13%。②肝炎型：最常见，表现为食欲缺乏、疲乏、肝区隐痛、肝大、轻度压痛，部分患者血清丙氨酸转氨酶(ALT)活力增高。占36.38%～40.16%。③胆囊胆管炎型：表现为右上腹痛，可为阵发性，有时有不规则低热或高热，常并发胆囊炎或胆石症。占6.83%～11.3%。④胃肠炎型：亦常见，表现为腹胀、腹痛和腹泻，大便每日3～4次，无脓血，可有不消化食物，占13.76%～31.7%。⑤神经衰弱型：表现头晕、头痛、心悸、失眠、多梦、性情急躁、记忆力差等。占2.06%～2.3%。⑥肝硬化型：表现有食欲缺乏，肝脾肿大，腹水，贫血，脾功能亢进，肝功能明显损害。多见于重度感染的儿童患者，占0.58%～1.4%。⑦营养不良型：表现为水肿、贫血、血浆蛋白减少，亦多见于重度感染的儿童患者，约占2.1%。⑧侏儒型：表现为发育障碍，身高、体重与年龄极不相称，缺乏第二性征。此型少见，可见于幼年期反复较重感染者。
同一患者可有上述临床类型中几种同时存在。此外，尚有极少数来自非流行区，初次大量感染的患者，于感染后1个月左右可突然发病，呈寒战、高热，中上腹或右上腹胀痛，肝大伴压痛，轻度黄疸，亦有脾肿大者。血中嗜酸性粒细胞显著增高。极个别患者出现类白血病反应。数周后急性症状消失而仍有消化不良、乏力、肝大等表现。
本病的诊断首先应重视病史的采集。凡流行地区居民或到过流行区的旅行者，且有食生鱼史者，当发生慢性消化道功能紊乱如腹胀、腹痛、腹泻，不能容纳脂肪饮食及肝区不适等肝胆疾患的症状时，即应考虑本病的可能。然后进一步作粪便及肝吸虫皮内试验检查。确诊有赖于粪便中找到肝吸虫虫卵。疑似病人如粪检虫卵阴性，则宜用十二指肠引流液找虫卵。