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1.常规检查
(1)血常规：外周血象白细胞和中性粒细胞增高。
(2)痰液涂片革兰染色：发现大量革兰阴性杆菌。
(3)血气分析：重症病人PaO2可降低。部分病人特别原有慢阻肺病者PaCO2可升高，并可有不同程度的酸碱失衡。
(4)血液生化检查：在败血症时如有肝、肾受损，可出现转氨酶、BUN、Cr升高。
2.病原学检查
(1)血培养：在摩根菌肺炎伴有菌血症或败血症时，血培养有摩根菌生长。一般血源性摩根菌肺炎血培养阳性率高。但近年来发现摩根菌在应用抗生素后也有L-型细菌改变，常规血培养为阴性。应引起注意。
(2)痰液培养：此法简单、方便，病人易接受。但易受咽部细菌污染。一般认为要留取病人肺深部咳出的痰，并于清洗和匀化定量检查后培养，可大大提高准确性。
(3)直接采集下呼吸道分泌物培养：此法有一定创伤性，且需要一定条件，但对摩根摩根菌肺炎，特别是医院获得性肺炎的诊断有帮助。因避免或减少了上呼吸道细菌污染，较准确。临床上可根据不同方法的优缺点，医院设备及医生技术水平，选用下列一种方法获得下呼吸道分泌物。
①经环甲膜穿刺：插入无菌细塑料导管抽吸下呼吸道分泌物。优点是减少了咽部细菌污染，但有一定的创伤性。
②在X线胸透定位下，经胸壁穿刺抽吸肺炎病灶部位的肺组织及分泌物培养。阳性率高且完全避免了上呼吸道细菌污染。但创伤性较大。
③经纤维支气管镜采取下呼吸道分泌物：此法较安全，并可在直视下采取病灶部位的标本，但需一定设备。
(4)其他体液培养中段尿细菌培养计数骨髓细菌培养胸水、尿、骨髓或伤口分泌物培养。
摩根菌肺炎，经上述不同方法的病原体培养，可发现摩根菌。对于混合感染者，特别是继发性肺炎者，还可培养出其他革兰阳性或阴性菌。同时对培养阳性者应做药敏试验，为治疗提供依据。
