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1.化脓性脑膜炎 多起病急剧，急性感染的全身症状和脑膜刺激症状较重，神经系统局灶体征不明显，脑脊液可呈脓性，白细胞增多明显，可发现脓细胞。主要与脑脓肿脑炎期相鉴别，有些病人早期几乎无法区别，颅脑CT扫描有助于鉴别。
2.硬脑膜下和硬脑膜外脓肿 两者可与脑脓肿合并存在，病程也与脑脓肿相似，硬脑膜外脓肿X线平片可发现颅骨骨髓炎，通过CT扫描或MRI扫描可明确诊断。
3.耳源性脑积水 由于慢性中耳炎、乳突炎引起的横窦栓塞导致脑积水，临床表现为头痛、呕吐等颅内压增高征象，但一般病程较长，全身症状较轻，无明显神经系统局灶性体征，CT扫描或MRI扫描只显示脑室有些扩大。
4.颅内静脉窦栓塞 多见于慢性中耳炎、乳突炎等引起的静脉窦炎性栓塞，可出现全身感染症状及颅内压增高症，但无神经系统局灶体征。此病腰椎穿刺测压时，行单侧压颈试验时病侧无反应，有助于诊断，但颅内压较高时应慎重进行。可通过CT扫描和MRI扫描加以鉴别。
5.化脓性迷路炎 临床征象似小脑脓肿，如眩晕、呕吐、眼震、共济失调和强迫头位。但与小脑脓肿不同的是头痛轻或无。颅内压增高和脑膜刺激症皆不明显。CT扫描和MRI扫描均为阴性。
6.结核性脑膜炎 不典型结核性脑膜炎可无明显结核病史、结核灶和结核体质，需与病程较长、临床症状较轻的脑脓肿相鉴别，脑脊液检查与脑脓肿相似，但淋巴细胞和蛋白增高明显，而且糖和氯化物都可有明显降低，抗结核治疗有效。CT和MRI扫描均有助于鉴别。
7.脑肿瘤 某些隐源性脑脓肿或慢性脑脓肿由于在临床上全身感染症状和脑膜刺激症象不明显，故与脑肿瘤不易鉴别，甚至CT扫描所显示的“环征”也非脑脓肿所特有，它也可见于脑转移瘤、神经胶质母细胞瘤，也偶见于慢性扩张性脑内血肿等，甚至直到手术时才能得到证实，故应仔细分析病史，结合各种化验检查，再借助各种造影、CT及MRI扫描进一步鉴别。
