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临床表现典型的疟疾，诊断不难，对于占1/3以上的所谓非典型病例，须与以发热、脾大和肝大为特点的其他疾病相鉴别，以免贻误治疗，扩散疟疾，或忽视了与疟疾并存的其他疾病。
1.急性血吸虫病 有血吸虫病流行区的疫水接触史和尾蚴皮炎史，常见腹泻和黏血便等消化系统症状和干咳等，与疟疾不同的是肝大者占的90%以上，以左叶较显著，白细胞数增加，嗜酸粒细胞增多，尾蚴膜反应、环卵沉淀试验或大便孵化阳性。
2.丝虫病 多数有既往发作史，白细胞和嗜酸粒细胞增多，无贫血和脾大，血微比蚴多为阳性。
3.黑热病 有黑热病流行区居住史。发热一般不规则，后期可发展为全血细胞减少，有鼻出血或齿龈出血等症，肝脾大，骨髓穿刺可查到利杜体。
4.阿米巴肝脓肿 肝脏明显肿大和疼痛，无脾大，热型不规则，白细胞显著增多，以中性粒细胞为主，超声波及X线检查可发现脓肿。
5.伤寒 发热呈稽留热，有玫瑰疹、腹胀等胃肠道症状和其他全身中毒症状等。血、骨髓、大便等细菌培养和伤寒血清凝集反应阳性。
6.败血症 体温不规则，白细胞及中性粒细胞显著增多，一般可发现感染原因，血或骨髓细菌培养阳性。
7.布氏菌病 发热呈周期性，一般症状不重。以后可见一系列神经症状，可进行皮内和血清学试验。
8.钩端螺旋体病 体温多呈持续热或弛张热，有上眼结膜充血、腓肠肌痛、淋巴结肿痛、皮肤黏膜出血、肝功能损害和肺部症状等。可进行血清免疫学试验和检查钩端螺旋体确诊，青霉素有效。
9.急性肾盂肾炎 发热不规则，有腰酸、尿频、尿急及尿痛等。尿检查见红、白细胞及蛋白，细菌培养阳性。但无原发病疟疾的临床症状和病史,可资鉴别。