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氨基糖苷类药物在临床当中多用来治疗敏感需氧革兰阴性杆菌感染引起的全身感染，尤其治疗大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、克雷伯菌属，感染所致的严重感染性疾病的效果较好。但需要注意的是使用过程中会出现一些不良反应，而氨基糖苷类的主要不良反应是肾毒性和耳毒性，还可引起神经肌肉麻痹、变态反应等。
1.耳毒性
氨基糖苷类药物引起的耳毒性主要包括了耳蜗听神经损伤以及前庭功能障碍。而耳蜗听神经损伤的表现包括了永久性耳聋，听力减退，耳鸣，当使用链霉素，卡那霉素，新霉素，庆大霉素时，最容易引起耳蜗听神经损伤；前庭功能障碍的症状表现包括了共济失调、视力减退、头晕、眼球震颤、眩晕、恶心、呕吐，并且眩晕为其中最常见的症状。
2.肾毒性
氨基糖苷类药物是导致药源性肾脏衰竭发作的一个常见病因，常见的肾毒性症状为管型尿、蛋白尿、血尿等，病情严重的患者可出现肾功能降低以及氮质血症。而肾功能减退又会导致氨基糖苷类药物在血浆当中的浓度升高，从而进一步损伤肾功能和增大耳毒性。
3.神经肌肉麻痹
氨基糖苷类药物同样也会引起神经肌肉麻痹，导致血压下降、呼吸衰竭、心肌抑制、肢体瘫痪。当出现这类情况时可适当的食用新斯的明和钙剂等对抗治疗。
4.变态反应
有些患者使用此药后可出现血管神经性水肿、皮疹、发热等过敏反应。
在临床中总结发现，儿童和老年人更容易出现肾毒性和耳毒性等不良反应，因此儿童和老年人使用此类药物时应该经过专业医生指导，过程中也要严格按照医嘱用药，不能自己随便增加药物剂量。同时因为妊娠期妇女使用此药后可引起新生儿听力受损，因此氨基糖苷类药物属于孕妇禁用药物。