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(一)治疗
治疗原则是选用敏感的抗生素杀灭病原体，加强支气管分泌物的引流，改善肺气体交换，加强原发病及营养支持治疗，防治并发症。
1.抗生素治疗 早期选用敏感抗生素是治疗的关键。曾对枸橼酸杆菌有效的抗生素如庆大霉素，卡那霉素，氯霉素，氨苄西林(氨苄青霉素)，羧苄西林(羧苄青霉素)，头孢噻吩，吡哌酸及磺胺药物，现在已发现有耐药现象。
近几年来，耐药菌逐年增多，且为多重耐药。特别是医院内获得性感染者耐药现象更常见。枸橼酸杆菌能产生可诱生的β-内酰胺酶，这种诱导型酶系由染色体上一组Amp基因介导的，且在50%枸橼酸杆菌中发现能转移耐药现象(R+因子)因而产生广泛的耐药率。不仅对第一代头孢菌素耐药，而且对第三代头孢菌素也有耐药现象。如对头孢曲松(头孢三嗪)、头孢哌酮和头孢他啶(头孢噻甲羧肟)的耐药率分别为36%，41%和37%。但现认为第三代头孢菌素和喹诺酮类抗菌药物，对枸橼酸杆菌仍有较强的抗菌活性。临床研究发现不同的枸橼酸杆菌种、株对抗生素的敏感性差异大。因此，抗生素应用应以药敏为依据，选用第三代头孢菌素或喹诺酮类抗菌药物。在药敏前，经验性治疗可用阿米卡星(丁胺卡那霉素)联合一种第三代头孢菌素或喹诺酮类抗菌药物。可选用的抗生素有：头孢曲松(头孢三嗪噻肟)1.0～2.0g/次静注， 1～2次/d，头孢哌酮(头孢氧哌唑)2.0～4.0g/次静注，2～3次/d，头孢他啶(头孢噻甲羧肟)1.0～2.0g/次静注，2～3次/d，环丙沙星200～400mg/次静注，2次/d，氨曲南1.0～2.0g/次静注，3次/d，阿米卡星(丁胺卡那霉素)15mg/(kg·d)，分2～3次静注，头孢替坦2.0～4.0g/d，分2次静注，头孢拉宗(头孢布宗)2.0～4.0g/d，分2次静注，头孢特仑(头孢特仑新戊酰氧甲酯)300～600mg/d，分3次口服，头孢甲肟2.0～4.0g/d，分2次静注。
广谱青霉素与β-内酰胺酶强效抑制剂复合制剂可于用治疗枸橼酸杆菌耐药株，常用的有阿莫西林/克拉维酸钾(奥格门汀)375mg口服，3次/d或1.0g静滴，3次/d，替卡西林/克拉维酸钾(泰门汀)每天9.6g，分3次静滴，舒他西林(优立新)(Unasyn)4.5～9.0g/d，分2次静滴，哌拉西林/三唑巴坦(8∶1)和头孢哌酮/舒巴坦 (1∶1)也可用于治疗。新近开发的新型头孢菌素FK037对弗劳地枸橼酸杆菌的MIC90为6.25μg/ml，其对第三代头孢菌素有耐药的枸橼酸杆菌有强大抗菌活性。亚胺培南(伊米匹能,复方亚胺硫霉素)也可用于对第三代头孢菌素耐药的枸橼酸杆菌治疗。以亚胺培南(亚氨硫霉素)剂量表示，中度感染500mg静滴，3次/d，严重感染2.0～4.0g/d，分3～4次静滴。为了提高枸橼酸杆菌肺炎的抗生素治疗效果。在应用抗生素时应注意下列几点：
(1)用抗生素前送血、痰等作细菌培养及药敏试验，并询问过去有无应用抗生素，种类、剂量、用药方法及疗效，以便考虑有无耐药菌株。
(2)应定期查细菌及药敏，据药敏结果及疗效反应调整抗生素，对尚无药敏结果者可用阿米卡星联用一种第三代头孢菌素或喹诺酮类抗生素。
(3)应遵循早期、足量、静脉用药及足够疗程的原则，对危重病人宜二联联合用药，对伴有菌血症的枸橼酸杆菌肺炎宜用4～6周。但要注意肝肾功能。
(4)对伴有中性粒细胞减少的病人，宜用哌拉西林/三唑巴坦合并阿米卡星(丁胺卡那霉素)，或拉氧头孢(羟羧氧酰胺菌素)2.0～6.0g/d，分2次用，或用亚胺培南(伊米匹能)治疗。
2.促进排痰纠正缺氧。保护心、肾、肝及脑功能 对于枸橼酸杆菌肺炎应鼓励病人咳嗽、排痰，对痰黏稠者可在补充水分同时雾化吸入排痰，应用支气管扩张药，祛痰药，以保持呼吸道通畅。吸氧纠正低氧血症，防治心、肾、肝及脑功能衰竭的发生。
3.加强原发病、并发症及营养支持治疗 枸橼酸杆菌肺炎伴有原发病及并发症要有积极治疗，并补充足够营养，对严重病人可适当给输新鲜血浆、人血白蛋白、人血丙种球蛋白(丙种球蛋白)，对粒细胞减少者可补给人血白细胞。并加强护理，防止交叉感染。
(二)预后
本病预后较差，对有菌血症、休克、肾衰、粒细胞减少者，婴幼儿及老年人，多种细菌混合感染者，原有严重基础疾病者预后不良。