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(一)发病原因
1.食物诱发过敏的途径 诱发小儿过敏的途径有五：胃肠道食入、呼吸道吸入、皮肤接触或注射、通过人乳和胎盘进入。
2.食物变应原 食物变应原指的是能引起免疫反应的食物抗原分子。几乎所有食物变应原都是蛋白质，大多数为水溶性糖蛋白，分子量10万～60万。每种食物蛋白质可能含几种不同的变应原。食物变应原有如下几个特点：
(1)任何食物可诱发变态反应：但小儿常见的食物变应原为牛奶、鸡蛋、大豆，其中牛奶和鸡蛋是幼儿最常见的强变应原。致敏食物也因各地区饮食习惯不同而异。花生既是小儿也是成人常见的变应原，海味食物不是小儿的主要变应原，坚果诱发的过敏在小儿比较少见。虽然任何食物可以致敏，但约90%的过敏反应是由少数食物引起，如牛奶、鸡蛋、花生和小麦。
(2)食物中仅部分成分具变应原性：以牛奶和鸡蛋为例，牛奶至少有5种具变应原性，其中以酪蛋白、乙种乳球蛋白(β-lactoglobulin，β-LC)变应原性最强。鸡蛋中蛋黄具相当少的变应原，蛋清中的卵白蛋白和卵类黏蛋白为鸡蛋中最常见的变应原。
(3)食物变应原性的可变性：加热可使大多数食物的变应原性减低。胃的酸度增加和消化酶的存在可减少食物的变应原性。
(4)食物间存在交叉反应性：不同的蛋白质可有共同的抗原决定簇，使变应原具交叉反应性。如至少50%牛奶过敏者也对山羊奶过敏。对鸡蛋过敏者可能对其他鸟类的蛋也过敏。交叉反应不存在于牛奶和牛肉之间，也不存在于鸡蛋和鸡肉之间。植物的交叉反应性比动物明显。如对大豆过敏者也可能对豆科植物的其他成员如扁豆、苜蓿等过敏。患者对花粉过敏也会对水果和蔬菜有反应，如对桦树花粉过敏者也对苹果、榛子、桃、杏、樱桃、胡萝卜等有反应。对艾蒿过敏者也对伞形酮类蔬菜如芹菜、茴香和胡萝卜有反应。
(5)对食物的中间代谢产物过敏：十分少见，患者多在进食后2～3h出现症状。
3.遗传因素 食物变态反应与遗传基因有关。父母中一方有食物过敏史者，其子女的患病率为30%，双亲均患本病者，则子女患病率高达60%。
4.解剖因素 人体胃肠道的非特异性和特异性黏膜屏障系统可以限制完整的蛋白质抗原侵入，而进入肠道的食物抗原与分泌型IgA(SIgA)结合，形成抗原抗体复合物，限制了肠道对食物抗原的吸收，从而直接或间接地减轻对食物蛋白的免疫反应。小儿消化道黏膜柔嫩、血管通透性高，消化道屏障功能差，各种食物过敏原易通过肠黏膜入血，引起变态反应。3个月以下的婴儿IgA水平较低，黏膜固有层产生SIgA的浆细胞数较少。当消化、吸收过程及黏膜免疫异常时，均造成各种食物的过敏原易通过肠黏膜入血而发生过敏性胃肠炎。
5.其他因素 消化道炎症是肠道过敏症发病率增高的原因之一。这是由于消化道炎症致胃肠黏膜损伤，增加了胃肠黏膜的通透性，使过多的食物抗原被吸收，而发生变态反应。
(二)发病机制
致敏抗原激活肠固有膜的IgE浆细胞，产生大量的IgE抗体，并与肥大细胞结合，固定在这些细胞的表面。当食物中的致敏原再次进入体内，与胃肠黏膜肥大细胞表面的IgE相结合，使肥大细胞激活、脱颗粒，释放一系列参与过敏反应的炎症介质，使血管通透性增加，引起Ⅰ型变态反应。部分抗原物质也可选择性地与浆细胞IgG、IgM、IgA或T细胞结合，形成免疫复合物，从而引起局部或(和)全身性的Ⅲ型或Ⅳ型变态反应。而年龄、食物的消化过程、胃肠道的通透性、食物抗原的结构、遗传因素等可影响食物过敏反应的发生。食物变态反应在生后最初几年最常见，大多数患儿到了2～3岁就对该食物产生耐受，症状随之消失。IgE介导者可能持续时间较长。开始的严重性与以后临床症状消失与否无关。但由于避食食物变应原不彻底，特别是十几岁的儿童，致使其敏感性持续存在。