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本病早期确诊较难，很难找到明确的症状与体征以及理化指标明确诊断。注意排除与本病相混淆的疾病并注意鉴别诊断。需要进行鉴别的疾病包括以下几种：
1.类风湿性关节炎 早期常开始于单侧膝关节发病，故与单纯滑膜结核不易区别。可通过类风湿因子、结核菌素试验、关节液结核菌涂片镜检或关节液结核菌培养和滑膜活检来明确诊断。
2.创伤性滑膜炎 通常有明确外伤史，青壮年发病多，没有全身结核症状。以局部关节肿胀积液为特点，关节穿刺液可为淡黄清亮或血色。X线片无骨质变化。
3.增生退变性关节炎 主要是老年人发病，关节疼痛以休息后痛及行走劳累后疼痛为特点。常合并有奈窝囊肿存在，囊肿大小常随关节疼痛严重程度变化，休息一段时间，囊肿常缩小或消失。抽液则与普通关节液相同。没有血沉快及骨质破坏等体征。
4.色素绒毛结节性滑膜炎 本病为类肿瘤病，分为绒毛和结节两型。以膝、踝关节多发，病史可长达数年到数十年之久。关节肿胀，扪之可有“面团”感或结节感。关节功能一般不受影响，血沉不快，长期病例可在骨质边缘有小的溶骨破坏。行关节穿刺可抽出暗血性或咖啡样液体。病理活检可确诊。
5.血友病性关节炎 多见于男孩，常有母系家族史，平时病人即有出血倾向。关节积液反复发作，关节抽液为血性。X线片表现为骨膜下血肿钙化，关节间隙狭窄，关节面不规则，尤以股骨髁间凹变深加宽为特点。
6.夏克氏关节病 此病为神经系统疾病继发而来。关节本身失去疼痛性的自我保护，不断造成创伤。故亦称神经性关节病。其特点为关节破坏严重，关节肿胀、出血、关节面破碎而关节功能不受限并局部疼痛没有或极轻微。有些病人关节的异常活动还增加。神经系统检查可见患肢深感觉减弱或消失。
7.化脓性关节炎 急性感染易鉴别，慢性感染鉴别较困难。慢性感染常发生在全身其他部位的化脓性感染之后。故常需作关节穿刺液的细菌学检查。
8.骨脓肿 此病为低毒性局限性的骨感染。发病缓慢，隐痛，劳累后加重。好发于股骨下端和胫骨上端干骺区。X线片可见局部溶骨破坏，周围骨硬化，并有骨膜反应和新骨生成。通过病理学和细菌学检查可确诊。
9.肿瘤 滑膜肉瘤疼痛剧烈，病程进展快，触之滑膜肿块呈大块分叶状，可有钙化，可侵蚀破坏骨骺。滑膜软骨瘤病可见滑膜肿胀，触之有很多活动小结节，X线片可见关节腔内有很多游离体或钙化点。另外其他好发于股骨下端胫骨上端的肿瘤有：骨巨细胞瘤、骨肉瘤、纤维肉瘤、尤文氏瘤和网织细胞瘤等，一般鉴别不困难。